当年在努布拉岛营建侏罗纪公园时，约翰•哈蒙德（理查德•阿滕伯勒 Richard Attenborough 饰）曾把附近的索纳岛作为恐龙的制造工场。侏罗纪公园沦陷后，索纳岛上的恐龙在完全隔绝且缺少必要合成元素的情况下生存了4年时间。哈蒙德对此颇感好奇，他重新找到马科姆博士（杰夫•高布伦 Jeff Goldblum 饰），邀请他前往小岛考察。4年前经历让马科姆心有余悸，他断然拒绝哈蒙德的提议，但当得知女友莎拉（朱丽安•摩尔 Julianne Moore 饰）已前往小岛之时，只得跟随探险队整装出发。
在索纳岛上，另一组野蛮的探险队已经先期到达，他们抓捕恐龙将其卖到外国。利欲熏心使得这些贪婪之徒全然不顾危险，竟然打起暴龙的主意。索纳岛旋即变成恐怖的屠杀地狱……

哈蒙德（理查德•阿滕伯勒 Richard Attenborough 饰）立志要建立一个非同寻常的公园：恐龙将是这个公园的主角。他把众多科学家收归旗下，利用琥珀里面困住的远古蚊子体内的血液，提取出恐龙的基因信息，利用这些信息培育繁殖恐龙。结果如愿以偿，他把怒布拉岛建立成了一个恐龙公园，坚信可以从中赚取大钱。然而，科学家们则忧心忡忡。
不幸的事情果然发生了。虽然公园有电脑系统管理，但却因为被员工破坏而造成了无法挽救的失控：所有的恐龙逃出了控制区，人们纷纷逃窜却逃不过恐龙的魔爪。恐龙自相残杀，人们亦死难无数，最后幸存者寥寥，只得四人逃出生天。怒布拉岛上空弥漫着恐怖的气息。

19年后，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）再次启程，旨在将埃克托王国遗失的水晶骷髅头骨归还原地——传说中，归还圣物者将被赐予巨大力量。
在琼斯的老友奥克斯发现水晶头骨前，这一切还只是传说。可奥克斯之后却不知何故丧失了心智，并落入苏联特工队的手中。为首的冷酷女间谍艾瑞娜（Cate Blanchett饰）深深着迷于所谓的神秘力量，她胁迫琼斯一行人与其共同前往亚马逊流域，找寻失落的黄金城埃克托王国。
在秘鲁密林，琼斯等人和苏军展开酣畅淋漓的战斗，其间还伴随着沼泽、食人蚁、原始土著攻击等致命威胁，在他们历经千难万险，最终踏入密室的那一刻，世界上最奇异的景象出现了……

传说用耶稣在最后的晚餐中用到的圣杯喝水，便能长生不老。在一次掘金活动中，记载圣杯的碑石被发现，圣杯存在的可能吸引着大批的疯狂的人展开寻找。印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）也是他们中的一员，甚至连他的父亲老琼斯（Sean Connery饰）也陷入其中——但他给琼斯留下圣杯的笔记后便不知所踪。
踏上威尼斯的土地，琼斯和事先约好的史奈达博士（Alison Doody饰）会面，他们在图书馆里凭线索找到圣盾后，却开始遭到莫名的来自十字剑兄弟的追杀。
一番波折后，琼斯终于找到了老琼斯，同时，史奈达的纳粹身份暴露，笔记被抢走。圣杯随时都有可能落入纳粹的手中。
于是，琼斯父子俩开始联袂上演拯救圣杯的精彩大戏！

中国，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）与上海黑帮老大交易，对方在换得努尔哈赤的骨灰后便背信弃义，欲灭琼斯之口。关键时刻，机灵小鬼豆丁（Jonathan Ke Quan饰）救下琼斯博士和无故卷进的一位歌女威莉（Kate Capshaw饰）。
由于三人乘坐的飞机失事，跳机后，乘着橡皮艇，他们竟漂流到了印度的一个村子。这里河水干涸，庄稼尽毁，饥荒横行，民不聊生。当地人将之归咎为彭高皇宫的妖孽作怪，并将“从天而降”的琼斯一行视为神灵的化身，他们请求琼斯帮他们拿回被掳走的圣石和所有的小孩子。
魔宫果然充满古怪，统治者是个小屁孩，贵族们吃水蛭、巨蟒、甲虫、猴脑，皇宫内部更是机关重重，误打误撞间，他们目睹到血腥的邪教献祭仪式……这一仗注定艰苦异常！

二战期间，希特勒在世界各地召集考古学家寻找“失落的约柜”——圣经中引导希伯来人与上帝交流的圣物，希特勒欲借其来护佑纳粹的战争。
为了使希特勒的计划破灭，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）奔赴尼泊尔，一边奋力挖掘蛛丝马迹，一边还要与无孔不入的纳粹分子周旋。凭借着过人的智慧和异于常人的胆量及大无畏的勇气，琼斯终于在罗马找到了指示约柜位置的太阳手杖，继而发现了约柜。
就在大功告成之际，纳粹军却侵吞了胜利果实，还将琼斯等人留在了蛇穴里！但是无往不胜的琼斯总是有办法死里逃生，并狠狠地还以颜色！