某天，普通高中生永井圭（宫野真守 配音）在放学路上被卡车撞倒，短暂的死亡过后，他悠然回到人间。作为日本第三位亚人，永井被警察、亚人管理委员会乃至赏金猎人等多方势力盯上。与此同时，被亚人管理委员会称为“帽子”的佐藤（大冢芳忠 配音）将受控的亚人田中功次（平川大辅 配音）。他向全国范围内发出信息，最终集结了7名亚人。佐藤试图策划大规模的虐杀恐怖行动，向日本政府发起冲击。在7名亚人中，中野攻心中的疑惑与日俱增。亚人VS亚人、亚人VS普通人，可怕的相互残杀即将发生……
本片根据樱井画门累计发行量超过390万册的同名漫画改编，并以三部曲的形式顺次上映。

第二波“净化”开始了，石丸、樱井、岸、甲斐、李等日本政商界要人们按照名单顺序逐个被杀。然而，日本政府坚决贯彻不屈服于恐怖分子的态度。警察、对亚特选群、自卫队、美国国防部，还有亚人管理委员会官员户崎和高中生亚人永井圭，都在暗中潜伏着。亚人过激派集团也终于开始行动了。史上最恶最凶的恐怖分子佐藤的真正目的是什么？阻止佐藤的又会是谁？

在一场车祸中，永井圭（佐藤健 饰）意外发现自己竟然是一名“亚人”。亚人，拥有着和人类一样的外貌，却有着惊人的自愈能力和不死之身，为了获得亚人神秘的力量，政府逮捕并监禁了现今已经发现的亚人们，包括永井圭，在他们身上进行残忍的活体实验，然而对外，政府却声称这一行为是在保护亚人。
同样身为亚人的佐藤（绫野刚 饰）救出了永井圭，希望后者能够加入自己的阵营。佐藤依靠着进行恐怖活动来威胁政府，提出建立亚人自治区的诉求。永井圭知道佐藤生性贪婪邪恶，不愿意就范，因此亦被佐藤视为敌人。身处漩涡的中心，永井圭知道，这并不单单只是佐藤和自己的战争，而是人类和亚人之间的博弈。