为了给2013年的剧场版第二弹预热，《银魂》推出了第三季TV动画，本次再开的TV动画内容包括以前已经播放过的精选部分以及没有播出过的全新故事。第三季的新故事总共13话，分别为《金魂篇》、《倾城篇》、《尾美一篇》以及最后一话大结局。万事屋、真选组、歌舞伎町以及鬼兵队的回归让广大粉丝期待不已。
与观众们阔别两年的阿银（杉田智和 配音）再次回到万事屋，结果发现自己的主角地位受到了挑战，而对方竟然是一名有着一头华丽金发的男人，这个与自己十分相像的男人自称为“金时”，身边的朋友们也只认得这个金发帅哥而完全忘记了阿银自己，动画甚至围绕着金时从而改名为“金魂”。阿银能不能重新夺回主角地位……

银魂完结篇即将上演，坂田银时（杉田智和 配音）在影院抓住一个盗录的电影小偷，谁知刺眼的白光之后，他却被带到一个颇有些陌生的世界。不远处的江户，曾经的繁华早已不再，高楼大厦已变成没有人居住的废墟。原来此刻银时正身处五年后的未来，过去的岁月里，名为“白诅”的神秘病毒恣意蔓延，导致世界濒临毁灭边缘。他在荒芜的街道见到了飒爽英姿的志村新八（阪口大助 配音）和武功高强的神乐（钉宫理惠 配音）。似乎未来世界的银时当初为调查白诅而意外死亡，新八与神乐继承了他和万事屋的遗址，与一切恶徒作战。
化名阿珍的银时回到破败的街道和朋友们身边，此时他仿佛背负起改变黑色未来的重大使命……