经历漫长的战争之后便是极速成长的新时代。为准备中忍考试，佐助的女儿宇智波佐良娜，优秀下忍三月，以及漩涡慕留人三人，在村子里的练习场进行着各种练习修行。
第一次考试是考验智力，二次考试团则是队合作。不断突破难关的慕留人他们，终于在第三次考试的个人战格斗场在五影的见证下与鹿丸的儿子对阵。
而正在这时扭曲空间的大爆炸袭来，出现自称大筒木桃式和大筒木金式的二人组，操纵着寄生在双手里的写轮眼的他们一心想要夺取鸣人的性命，最终鸣人被他们带走。
第一次知道父亲走过的路，以及明白了对父亲的思念的慕留人，将他那幼小的身影与幼时的鸣人重叠的佐助和五影一起，进入有敌人等待的异空间，向敌人发起了有着必死决心的挑战。

第 1 季包含《波之国篇》和《中忍考试篇》

《波之国篇》（日语：波の国編）火影忍者动画开篇，在2002年10月3日－2003年4月2日期间播出，改编自原作漫画的第1－44章。主要讲述成为下忍的漩涡鸣人、宇智波佐助和春野樱组成由旗木卡卡西带领的第七班，受令执行他们的首个“C级任务”，保护一名来自波之国造桥师的安全及免受“雾隐鬼人”侵袭。

《中忍考试篇》（日语：中忍試験編）火影忍者第二篇章，在2003年4月2日－2003年10月1日期间播出，改编自原作漫画的第45－89章。主要讲述波之国任务结束不久，木叶村迎来一年两度的“中忍选拔考试”，第七班与其他同期下忍都获得推荐参加，使他们必须想办法应对危机四伏的考试难题、以及来自其他村子的“强敌”。

刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开……

为了追踪叛忍百足，五代目火影网手（胜生真沙子 配音）命令大和（小山力也 配音）率领小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、佐井（日野聪 配音）等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉，很久以前被第四代火影封印。而百足的目标则是解开封印，释放恐怖的力量。经过千钧一发的搏斗，鸣人变成孤身一人，他意外来到一座繁华的失落城市，在此遭到了傀儡部队的袭击，并得到神秘木叶忍者的救助。之后鸣人邂逅楼兰女王萨拉，而围绕这个美丽的女子，邪恶的阴谋正悄悄展开。时空错乱，旧日的影像浮现……
本片根据漫画家岸本齐史的同名原著改编，是“疾风传”系列第四部剧场版。

　在一段晦暗的日子里，云隐、雾隐和岩隐的忍者接连遭到神秘忍者的袭击，而从这些地方发来的通缉令全部指向了木叶村的漩涡鸣人。鸣人百口莫辩，最终被五花大绑，投入了“血狱”鬼灯城。鬼灯城地处大海中央的孤岛之上，四周波涛汹涌，怒浪滔天，小岛悬崖峭壁，地势险恶。此处囚禁着或罪大恶极或忠义至上的上忍，加上城主无为严酷的统治及严密防卫，鬼灯城堪称绝对无法逃脱的死地。即使明知不可为，鸣人也要想方设法从此地逃脱。在这一过程中，令他蒙受不白之冤的阴谋渐渐浮出水面……