某一天，宇宙人西里里来到小新家中，并使用特使光线把变爸爸野原广志
和妈妈野原美伢回了小孩子模样，如果想恢复现状，必须帮助西里里找回自己的父亲，就这样大家踏上了寻找之旅……

某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。
之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。

某天，小新（矢島晶子 配音）闲逛的时候捡到一个动感超人的面具，戴上面具后，小新发现自己竟然能和动感超人通话。他被任命为代表正义的动感间谍，专门与邪恶势力作战，并且见到了他的搭档——7岁女孩苏诺萌·柠檬（愛河里花子 配音）。在柠檬的带领下，小新开始作为动感间谍的艰苦训练。在这一过程中，面向凶恶的怪大叔不断偷袭小新，而在这一系列事件背后，似乎又隐藏着两个神秘的国家——无声屁共和国与不放屁王国。看似善良的柠檬也变得正邪难辨。不久，小新更和柠檬闯入了困难重重的不放屁王国……
本片根据臼井義人的同名原著改编，是《蜡笔小新》系列第19部剧场版。

小新和妈妈一起逛百货公司，他缠着妈妈买了假面英雄最新出品的玩具宝剑。回家之后，发生了怪事，宝剑竟然变成了普通的竹棒。 　　从幼儿园回家的路上，小新遇到了一只和小白长得一模一样的狗狗，唯一的不同在于它是黑色的。小新给它取名为小黑，把它带回了家，并成功地说服了爸爸妈妈，让小黑留在了家里。 　　正当野原一家过着平静的日子的时候，通向黑暗世界库莱顿的大门被打开了，阴谋统治地球的邪恶计划正在秘密推进。 　　一天，一位自称名叫“普莉林”、身材劲爆的大姐来找小新，说他是被选中的勇者，必须对抗来自黑暗之门的邪恶力量。 　　从那天开始，野原家倒霉连连，爸爸失去晋升机会，妈妈在大减价争斗中落败。黑暗的力量在不知不觉中侵袭了进来。 　　一天夜里，小新爬起来上厕所，少年麻达突然出现在他面前。麻达是被派来保护勇者小新的。在他的帮助下尚未觉醒的小新打败了一个又一个敌人。然而更强大的敌人出现了，小新能拯救世界么？！

这天在小新居住的春日部附近，突然新开了一家叫“20世纪博”的游乐园。游乐园里到处播放着从前20世纪的旧的电视节目和电影，这里，一切都是从前时光的回放。每一个到了这里的大人，都沉浸在过去的旧时光里，而对小孩子来说，这些的东西一点意思都没有。令小新万万想不到的是，进入了游乐园的爸爸妈妈都不在理会其他事情，只是一直沉醉在以往的时光里。城里的大人们都进去了，只剩下了小孩子！这到底是谁的阴谋，小新他们能否粉碎这阴谋？

小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。
《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。