最近出现了一起凶徒连环杀人案，最令人恶心的是，凶徒每次作案后都将被害者的喉咙割走。FBI探员威尔（爱德华•诺顿 Edward Norton 饰）负责此案的侦察，经过详细调查，威尔分析此人每次都是将被害者的喉咙割走吃掉，然而却没有找到任何凶徒的蛛丝马迹。威尔向患有精神病的犯罪心理学家汉尼拔（安东尼•霍普金斯 Anthony Hopkins 饰）求助，希望汉尼拔能刻画出凶徒的犯罪心理以助破案。不料汉尼拔精神病发，意图伤害威尔，最后被关进了精神病监狱，此案也就不了了之。多年后，威尔又遇到了一起相同的谋杀案。虽确定了犯罪嫌疑人，但若想清楚推敲出此人的犯罪心理，以将其乘之于法，威尔只好再次找到了汉尼拔。

琴的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和罗根恍然若失。学院的教学任务落在了暴风女和金刚狼等人的肩上，变种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名变种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令变种人的身体与常人无异，“解药”的问世在变种人中引起了强烈反响，万磁王四处联系不愿改变体质的变种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去，而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量，X教授和万磁王各自争取琴，她成为了改变变种人世界的关键人物。