在未知的生命体奇居子摧毁了地球之后，人类勉强活了下来，继续乘坐巨大的宇宙飞船 「希德尼娅 」飞行，但奇居子在100年后第一次出现。人类再次面临毁灭的威胁，但由于由人类和奇居子创造的白羽衣紬和人形战斗武器卫人的王牌飞行员谷风长道的努力，奇居子被暂时打败了。 他们成功地赢得了这场战斗。从那时起，十年已经过去了。 希德尼娅的人民正享受着短暂的和平时期。 紬也平静地度过了她的日子，思念着长道，他现在是西多尼亚的英雄。 然而，舰长小林知道，只要奇居子在这里，这种和平就不会持续太久。然后，以人类的存亡为赌注，决定最终决战。为了守护心爱的人，希德尼娅最后的战斗终于开始了。剧场版的故事发生在击退奇居子的十年后，依旧以宇宙飞船“希德尼娅” 为舞台，人类面临着决定存亡的最终决战。

2014年6月底，在《希德尼娅的骑士》一期动画最终话的片尾公布了二期动画《希德尼娅的骑士：第九行星战役》制作决定，并将在11月举办二期动画第一、二话的先行上映会，上映会门票将在动画第一、二卷中限量附赠。此外，原作中的重要角色“白羽衣紬”也将在第二期动画中登场；而原作者贰瓶勉的早期作品《BLAME！》亦会在第二期动画中以剧中剧的形式动画化。

曾几何时，神秘生物奇居子入侵太阳系，致使人类流离失所，只能乘坐行星般大小的巨型飞船希德尼娅流浪在茫茫宇宙中。如是过了漫长的一千年，而今希德尼娅的居民们已有一百年未曾遭遇奇居子，不过他们从未放松警惕，培养了一代又一代操纵人形兵器“卫人”的驾驶员。某天，居住在地下的青年谷风长道（逢坂良太 配音）迫于饥饿爬到地面，偷米后被人抓住，后在舰长（大原沙耶香 配音）的授意下成为卫人驾驶员第628期的训练生，在这里他见到了有过一面之缘的善良女孩星白闲（洲崎绫 配音）、友好的第三性人科户濑伊扎那（丰崎爱生 配音）以及高傲刚愎的岐神海苔夫（樱井孝宏 配音）等人。未几，少年们外出执行采集任务，甚至却遭逢百年不见的奇居子。沉寂已久的宇宙战争再度拉开帷幕……
本片根据贰瓶勉的漫画原作改编。