在已被彻底探索殆尽的世界里，名为“深渊”的大洞是硕果仅存的秘境。
这个深不见底、不知会延伸到何处的巨大垂直洞穴中，不仅栖息着各种稀奇古怪的生物，还沉睡着现今人类所做不出来的珍贵遗物。
“深渊”那处处充满不可思议的神秘样貌，吸引人们前仆后继地前去冒险。渐渐地，大家开始将那些多次挑战大洞的冒险者们称为“探窟家”。
孤儿莉可住在兴建于深渊四周的城镇“奥斯”，她梦想着将来要成为像她母亲一样伟大的探窟家，并一解深渊之谜。
某天，她母亲莱萨的白笛被人发现，让莉可因此下定决心要潜入深渊的深处。她捡到的失忆机器人雷格，也为了寻找自己的记忆而决定与她同行。
莉可在深界四层被穿珠的毒给侵蚀折磨，拯救她的是名叫娜娜奇的惨剧终末。娜娜奇加入之后，三个人便继续前往彭多尔多所在的深界五层冒险。在那里，他们遇见了一个自称普鲁修卡的女孩。由彭多尔多抚养长大的她对外界一无所知。普鲁修卡深深着迷于莉可的冒险故事，并希望能和莉可一起冒险，然而她却惨遭彭多尔多利用来做实验。
不过后来普鲁修卡改变形体，变成莉可的白笛，与她一同朝深界六层“不归之都”前进。在那里有座“惨剧终末的村子”，那是拥有自己一套价值观的惨剧终末们所生活的地方。

在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。
不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，
栖息着奇妙奇怪的生物们，
沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。
“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。
如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，
陆续得到了“探窟家”的名号。
住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，
梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开阿比斯的谜团。
某天，以母亲莱萨的白笛被发现为契机，
莉可决定潜入阿比斯深处。
被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格，
也为了寻找自己的记忆而决定同行。
莉可在深界四层中了穿弹兽的毒。
救了莉可的，是“生骸”娜娜奇。
娜娜奇也成为两人的同伴，三人的冒险向着波多尔多所在的深界五层进发。
在那里，他们遇到了一位自称为普鲁修卡的女孩子……

電影版《來自深淵 深魂的黎明》很快將要在 2020 年 1 月 17 日於日本上映，官方特別為支持本作的粉絲製作了觀影特典，是將今年的愚人節企劃《マルルクちゃんの日常》以四個短篇動畫呈現，分為四週在正片之前上映。
以因為皮膚無法照射到陽光，與奧森一同居住在深界二層「監視基地」的「瑪露露庫」作為主角，描繪瑪露露庫日常生活的番外篇。

在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，栖息着奇妙奇怪的生物们，沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，陆续得到了“探窟家”的名号。住在建造于深渊边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开深渊的谜团。这样的某一天，莉可在探索深渊的途中，捡到了有着少年样貌的机器人…