故事将从沉睡在福萨马格纳的古代化石集合在一起，变成巨大的怪兽并前往东京的背景下展开。人类将其视为自然灾害，只有妖怪们注意到了真相，开始担心未来。这样下去世界就会灭亡。能够封锁这一现象的是继承了传说中妖怪猎人血统的琦玉县所泽市小学生渡边兄，被视为拯救世界的勇者的少年和卷入其中的妖怪们展开了大冒险。

杰克（阿萨·巴特菲尔德 Asa Butterfield 饰）的爷爷自杰克还小的时候，就会常说床边故事给他听，故事中有许多拥有特殊能力的小孩。爷爷神秘死亡后，留下了关于这个属于另一个时空世界种种谜团的线索，杰克循着这些线索，进入了这个神秘的世界，发现这群奇怪的孩子真实存在，他们住在这里是为了躲避可怕的变异怪兽。随着杰克的到来，危险也同时抵达，杰克需要与这群孩子一起，抵御黑暗力量。