三毛（贾林 Jia Lin 饰）从来就是银幕上喜剧人物。这次，三毛从军了。抗日战争全面爆发了，无所事事的三毛一心想着为国立功，加入了军队。不料，新兵训练的时候就笑话百出。手榴弹实弹投掷训练时，三毛一不小心就将手榴弹投到了战壕里，搞得全军上下一片乌黑。稀里糊涂的三毛随后参加了一支敢死队，笑话百出的他和队友们竟一股全歼了敌军。
抗敌有功，三毛高升到后勤部，不用再上战场了，却成了师长姨太太的跟班。整天被使唤也闹了不少笑话。不料兵败师长自杀，三毛又重投兵营。一次执行空降任务时，三毛和以前的知心战友遭到伏击，大难不死却落入深山。一等就等到了抗战结束，三毛和战友早已成了野人。

谁也不曾想过，七十年前那期神秘的罗斯威尔事件，时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌，即使它就在那里。某天，过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们，希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机，关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德，在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。
而这一路上，层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来，将相继呈现在他们的眼前……