20年代末，为完成师父的志愿，陈真（李连杰 饰）到日本学先进技术，求学中的他喜欢上了日本女孩山田光子（中山忍 饰）。因为师父霍元甲之死，陈真回到中国，协助师父之子霍廷恩（钱小豪 饰）主持精武门的业务，不料却引起了他的妒忌，师兄弟之间引发权力之争。
另一方面，陈真追查师父死因，怀疑是日军军官藤田刚（周比利 饰）暗中使用慢性毒药杀死霍元甲。陈真请医生验尸，证实师父确系中毒而死。藤田刚恐阴谋败露，杀人嫁祸，展开了连场恶斗。不久，藤田刚挑战精武门，他诱使日本黑龙会总教头船越文夫向精武馆挑战。比武之日，双方开展了一场惊心动魄的决战。

段小楼（张丰毅 饰）与程蝶衣（张国荣 饰）是打小儿一起长大的师兄弟，两人一个演净，一个饰旦，配合天衣无缝，一出《霸王别姬》更是誉满京城。为此，两人约定合演一辈子《霸王别姬》。但两人对戏剧与人生关系的理解有着本质的不同，段小楼深知戏非人生，程蝶衣则是人戏不分。
段小楼在认为该成家立业之时迎娶了名妓菊仙（巩俐 饰），程蝶衣认定菊仙是勾引了段小楼，使段小楼做了叛徒。自此，三人围绕一出《霸王别姬》生出的爱恨情仇随着时代风云的变迁不断升级，终酿成悲剧。

天山派李秋水（林青霞 饰）爱上掌门师兄逍遥子，却不知逍遥子所爱的其实是李秋水的孪生妹妹李沧海（林青霞 饰）。而天山童姥巫行云（巩俐 饰）对李沧海亦有超越性别之爱。逍遥子被同门叛徒丁春秋（徐少强 饰）下毒中伤，被迫归隐到飘渺峰，设下“玲珑棋局”等来本性善良、佛性极深的有缘人虚竹 （林文龙 饰），将百年功力悉数相传，以期代他清理门户。 为夺少林宝物，丁春秋率阿紫（张敏 饰）、诱动连手的李秋水等人欲血洗少林，得到了逍遥子毕生功力的虚竹在巫行云的帮助下临危受命，与丁春秋展开了回合大战。

袁世凯（何家驹 饰）为登基称帝笃信邪教，教主赠送玉扳指佑其成功，岂料袁世凯将扳指送给四王爷之三公主沈玉（李嘉欣 饰），并计划立她为皇后。教主令袁世凯收回扳指，与此同时，潜伏袁世凯身边的孙文革命军干部杨君（刘德华 饰）掳走沈玉以阻止袁登基。李督军（刘家辉 饰）自此奉袁世凯之名沿途追索杨、沈二人，杨君在路经过宝芝林时邂逅黄麒英（郑少秋 饰），遂将护送沈玉之重任托付于黄麒英和痴迷醉拳的黄飞鸿（季天笙 饰）父子二人。飞鸿护送沈玉的路上遭密探（任达华 饰）截杀，致使代步汽车撞入仁伯（刘家良 饰）的酒庄，醉拳高手仁伯帮二人解围，但又留下他们做工来弥补酒庄损失，由此卷入玉扳指争端战，李督军不久率军赶到，各路高手掀起连番激战……