14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……
本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。

故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田智和）也受到委托，寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶势力一手遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子安武人 配音），高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗？
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》，其中，在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。

这一回，故事由学校让同学们根据自己喜欢的歌曲而描绘出一幅画来开始。小丸子在去静冈县的外婆家途中，遇到了帮路人素描打工的大姐姐，并成为了忘年交。在大姐姐对歌曲故事的讲述下，小丸子也画出了得奖的作品，并且还“童言无忌”的一番话感动了大姐姐，让大姐姐重新权衡了与北海道大哥哥的恋情和自己的梦想哪个更重要。

正在上小学三年级的樱桃小丸子（Tarako 配音），因班长丸尾末夫（飞田展男 配音）提出了抽签换座位的要求，抽到了她不喜欢的调皮同学大野健一（山口胜平 配音）跟彬山聪（真山亚子 配音）同桌。而且和最好的同学小玉（渡辺菜生子 配音）分了桌。大野和彬山是一对好朋友，他们虽然总是抄袭作业欺负同学，可他们参加劳动时非常能干，学校有活动配合的也很默契。学校要开运动会，小丸子和上六年级的姐姐樱杏子(水谷优子 配音)都要参加，在运动会开始时爸爸樱宏志（屋良有作 配音）妈妈小林堇（一龙斋贞友 配音）也来给她们加油，小丸子参加的借物竟赛时多亏大野和杉山的帮助取得了第二名。男生骑马打仗比赛，因大野没发挥好以至最后输了比赛，大野和彬山这对最要好的朋友因此友谊出现了裂痕。赌气不说话的两人，转眼来到了平安夜的合唱比赛。一场大野的危机即将降临，这是否是二人关系的转捩点呢？

1999年1月，黑桐鲜花所就读的高级女子中学——礼园出现了神秘的事件。一年四班的学生橘佳织在宿舍起火事件中身亡，随后，一年四班全体同学的生活改变了。每天活在痛苦与烦恼中的她们，收到了不明来源的信件。不安的情绪在礼园全体学生间蔓延。为了解决事件，两仪式假扮学生潜入礼园，与黑桐鲜花一同调查事件的原委。另一方面，黑桐干也在使用自己的方法追踪事件的真相。而事件的背后，似乎还有那个男人，魔术师荒耶宗莲的安排。
苍崎橙子之徒黑桐鲜花，拥有“直死之魔眼”的两仪式，魔术与战斗的交叉，礼园的秘密在她们面前展开。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第六章电影版。

1998年06月，意外事故后昏睡两年的两仪式苏醒了。
18年的记忆没有了，两仪织的人格也代替两仪式死去了。只有名为“黑桐干也”的男子守护在自己的身边。还有眼前奇怪的现象。两仪式获得了直视万物死之线的异形之力“直死之眼”。
黑桐干也的上司，苍崎橙子，来到医院接触两仪式，教导她“直死之眼”的使用方法。医院突然遭到袭击，式手握匕首，跨出了2年来，最坚毅的一步。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第四章电影版。

1998年7月，饮酒会归来的下雨之夜，黑桐干也收留了一位无家可归的少女。但不久，少女不辞而别，去向不明。
与此同时，发生了连续杀人事件。死者无一例外，都是由于身体被强大的力量过渡扭曲而死。伽蓝堂开始为此展开调查。
一步步深入的调查，犯罪者居然是当时不辞而别的少女浅上藤乃，而她的能力更是惊人的强大。两仪式，拥有“直死之眼”的少女，再次提起匕首迎战。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第三章电影版。

1995年9月，16岁的两仪式与黑桐干也相遇了。
男孩子气的两仪式穿着和服来到学校，特殊的她与任何人都没有交集，除了黑桐干也。二人产生了某种关联，并开始了安稳的校园生活。
同时，街上出现了连续猎奇杀人事件。由于警察朋友的关系，黑桐了解了一些内幕，他感到这个事件与式的双重人格有某种关系。
两仪式与两仪织，猎奇杀人事件的真相到底是什么？两仪家的秘密在黑桐眼前逐渐展开。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第二章电影版。

1998年9月，围绕巫条大厦发生了连续少女坠楼事件。媒体将其报道为无法解释的自杀事件，而有一个人，看出了事件背后的某种关联。
她是魔术师苍崎橙子，伽蓝堂事务所的所长。解决都市不可思议事件的伽蓝堂只有三位成员：苍崎橙子、黑桐干也、两仪式。拥有“直死之眼”的两仪式受橙子所托，前往巫条大厦调查。等待她的是意想不到的敌人，而对抗敌人的武器，只有那把一直在式手中的匕首。而远在伽蓝堂，黑桐似乎被巫条大厦的魔力控制，失去了知觉。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第一章电影版。