故事承接第一季《黑爵士一世》，讲述六十年后的都铎王朝伊丽莎白一世时期的故事。金雀花王朝此时已经灭亡，由伊丽莎白一世（米兰达·理查森 Miranda Richardson 饰）继承王位。而这位像她的家族一样疯狂的女王，虽然性感诱人，却又极为情绪化。她一直都在寻找理想中的丈夫。伊丽莎白一世拥有一个最具权威的宫廷弄臣埃德蒙·黑爵士（罗温·艾金森 Rowan Atkinson 饰），他是《黑爵士一世》中埃德蒙王子的曾孙。
此次，埃德蒙摇身一变成为愤世嫉俗又充满智慧的冷酷朝臣，欲借娶伊丽莎白一世而篡夺王位。爱耍小聪明的农民鲍德里克（托尼·罗宾逊 Tony Robinson饰）和愚蠢的贵族珀西（蒂姆·麦克纳尼 Tim McInnerny饰），再次协助埃德蒙展开啼笑皆非的夺权计划。然而，伊丽莎白一世的得力助手曼彻特主教（斯蒂芬·弗雷 Stephen Fry 饰）一直在忠心耿耿的暗中辅佐她，免于王位落入埃德蒙之手。

香港某个国际伪钞集团重要分子宋子豪（狄龙 饰）和Mark（周润发 饰）情同手足，某次宋子豪带手下谭成（李子雄 饰）去台北交易时被其出卖受枪伤被捕入狱，为替好兄弟报仇，Mark孤身赴台，结果被人打成瘸子，江湖地位自此一落千丈，而宋子豪的父亲也在不久丧命。 一向视宋子豪为偶像的宋子杰（张国荣 饰）得知哥哥的真实身份后，对黑社会及他恨之入骨，立誓利用警察身份将黑帮势力斩草除根，宋子豪出狱后不顾苦等他想重创辉煌的Mark的劝阻，决心弃暗投明，无奈得不到宋子杰的谅解。而此时已成帮会老大的谭成欲找宋子豪再合作，遭拒绝后放言会害宋子杰，被逼走投无路，宋子豪决定再与Mark连手共抗强敌。

一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。
柯克命令“赏金号”进入引力弹射状态，利用太阳的万有引力而穿越时空来到20世纪后期。星舰于1986年抵达了美国加利福尼亚州的旧金山市，船员们将星舰藏在金门公园的一处草坪上。此后，他们开始寻找能与外星探测器沟通的鲸鱼、能将鲸鱼装在星舰上的容器，以及能让猛禽舰恢复能源供应的物质——在星舰穿越时空的旅途中能源几乎被耗尽。柯克与斯波克最终获得了一位鲸类专家吉莉安·泰勒博士的协助，她在索萨利托市鲸鱼协会照料两头座头鲸。
在经历了许多的困难后——包括让泰勒相信他们的确来自未来——进取号的船员们成功地营救了两头座头鲸，并将它们带到未来，及时地拯救了地球。然后船员们被带到了联邦委员会的面前，接受众多的指控。没有被作为被告的斯波克也与其他船员们站在了一起。最后，鉴于他们新近的英勇表现，除了对柯克中将的控告外，针对其余被告的所有控告都被撤销。柯克以作为一名上级军官却违背命令的罪行被判有罪，并象征性地被降职为上校以示惩戒；但作为对他英勇行为的表彰，他被任命为联邦星舰进取号-A的舰长。与进取号船员一同来到23世纪的泰勒博士，决定加入星际舰队并成为一名科学官。
作为情节框架的支线剧情，展现了斯波克逐渐地恢复了他的记忆、他此前获得并接受的人类传统，以及他对自己情感的承认。在影片开始时，他不明白母亲询问他的“感觉”有何意义；但到最后，他已能足够意识到“感觉”对人类的重要性，并托父亲告诉母亲，他“感觉良好”。

理论告诉我们权力越大,责任也越大;
常识告诉我们事情越多,麻烦也越多;
经验则告诉我们政治问题揭开总有个内幕,内幕揭开还有个黑幕...
我们的老熟人, 行政事务部（DAA）大臣吉姆哈克上位成功了! 在公务员体系的化身, 内阁秘书汉弗莱阿普比爵士和走钢丝大师, 私人秘书伯纳伍利同学辅佐下, 经过三年艰苦磨练(磨蹭和训练), 哈克终于入主唐宁街十号, 成为英国首相!
明暗之间棋逢对手, 新老问题此起彼伏, 首相的政治生涯之精彩, 注定不亚于大臣. 于是, 让我们紧密团结在这三位老朋友周围, 走进白厅这一变幻莫测的舞台吧~