第一部： 　　20世纪末一个初冬夜晚，不计其数的奇异卡片突然从阴霾的天空落下，散布到世 界各地。没人知道它们从何而来，作用何在。一年后，一个世界闻名的冒险家、考古 学家向世界宣布，他掌握能将卡片变成巨兽的咒语，并能操纵它们战斗。随着幻兽的 出现，人类社会的平衡秩序被打破。政府为了改变混乱局面，组织了两年一届的世界 御兽师争霸赛。从中挑选有才能的人，以维护世界和平.故事主角之一——祺翔十分羡慕御兽师这种职业，机缘巧合得到一只幻兽momo,之后和小伙伴玄福，希茹，以及化敌为友的朋特，开始了他们圆梦御兽师的旅程，他 们经过一系列比赛的磨练，克服了种种困难，一步一步向梦想靠近，但在这时可怕的黑暗势力，正悄悄向他们伸出魔爪…… 　　第二部： 　　这是一个全世界疯狂痴迷于卡片对战的世界。在这个世界，治理和保护环境被视为最神圣的职权。成名于世200余年的卡片世家宇文氏在第7代族长宇文锦辰的带领下，史无前例的取得了全国大赛的三连冠，使宇文氏在被长乐会压制了百余年后再次夺回了环境治理权。与此同时，宇文锦辰的三个儿子：宇文任、宇文炎、宇文士也都年满十岁，按宇文氏族例，年满十岁的子孙必须具备独立比赛的能力。双胞胎中的弟弟宇文士在十岁首演中意外失手，成为二百余年来第一个十岁首演失败的宇文氏子孙，崇尚最高卡片艺术的宇文锦辰一怒之下将宇文士逐出家门，并剥夺他的宇文姓氏。 这时，我们的主人公祺翔在寻求凯德事件真相，解开环境破坏之谜的时候，意外的被卷进了这一个神奇的世界，并结识了宇文士，两人结下了深厚的友情，为了保护环境、取得认同，共同踏上了御兽卡比赛之路……

憧憬着皇帝，向不败的三连冠冲刺的马娘东海帝皇，以及背负着名家的荣耀，向天皇赏连霸发起挑战的目白麦昆。二人既是对手，也是伙伴，一同向着梦想——「闪光系列赛」的优胜，全力奔跑！

在一次意外中，乔纳森（兴津和幸 配音）的父亲乔斯达爵士（菅原正志 配音）被陌生少年迪奥布兰度（子安武人 配音）所救，善良的爵士收留了自称无依无靠的迪奥，后者则以养子的身份正式进入了乔斯达家族的大门。在他人的眼中，迪奥是一个优秀正直的少年，可是，只有经历过迪奥残酷欺辱的乔纳森才知道，在迪奥光鲜的面具后面，隐藏着一颗邪恶的心。 果不其然，随着年龄的增长，迪奥开始觊觎起了乔斯达家族的庞大家产。无意间，迪奥发现了能够使人变得强大的石鬼面具，为了获得更多的财富和权力，迪奥毫不犹豫的带上了面具。在成为了恐怖的吸血鬼后，迪奥开始了对乔斯达家族的疯狂报复。为了替父亲和整个家族报仇，乔纳森开始修炼唯一能够打败吸血鬼的波纹气功，面对着强大的敌人极其党羽，乔纳森能够获得最终的胜利吗？