《少女革命》的主角是一位中性打扮的少女天上歐蒂娜。歐蒂娜小時候曾被一位王子所救，並被這位王子深深吸引著，於是她自己決定要成為一位王子，並開始作男性化打扮。她入讀鳳學園，並與名叫姬宮安希的學生同住。安希的性格十分柔弱，歐蒂娜為了保護她而與其他人決鬥，並因此被扯進了學生會爭奪「發動世界革命力量」的一系列決鬥中……
本作の主人公の天上ウテナは、幼い頃自分を助けてくれた王子様に憧れる少女である。だが、彼女は、いわゆる王子様がいつか迎えに来てくれるのを待つお姫さまではない。王子様本人に憧れるあまり、自分が王子様になりたいという願望を持つようになった少女だったのだ。鳳学園に入学したウテナは、そこで「薔薇の花嫁」と呼ばれる少女、姫宮アンシーと、天上ウテナが王子様から貰ったのと同じ指輪「薔薇の刻印」を持つ生徒会役員達（デュエリスト）に出会う。彼らは、「世界の果て」という謎の人物からの手紙に従い、「薔薇の花嫁」を賭けて決闘を繰り返していた。薔薇の花嫁とエンゲージしたものに与えられるという、「世界を革命する力」を得るために。そして、ウテナもまたこの決闘ゲームに巻き込まれていく。