淡幽，是最早虫师家族之一的后裔，继承了禁忌之虫，以至于一只脚不能活动。
隈罗，药袋家族的后裔，幼年不具有看到虫的能力，为了应对禁忌之虫，被长期置于荆棘之路的出口，导致“灵魂”被核食虫所食，失去“灵魂”的他，被灌入了人造虫代替自己的“灵魂”，每次使用人造虫后会变成一局空壳，需要重新灌入人造虫才能“复活”，但会失去人的感情。
银古则是受淡幽所托，陪伴隈罗去调查一座山中虫异动的现象。。。

在世界的角落里，有着这样一种生物：它们下等且奇怪，不同于任何动植物，有自己的生命形态以及生存方式。自古以来为人类所敬畏，不知何时开始，被称为“虫”。“虫师”这个职业便应运而生，他们对虫进行研究，并接受人们的委托，解决由虫引起的奇异事件。故事主人公银古（中野裕斗 配音）就是这样一名四处云游的虫师，这一次，他要解决的是一种叫“蚀日”的虫。
近日里，各地均发生了日蚀现象，在太阳光被遮掩的时段里，虫会躁动，因此有可能引发各种问题，有人会受虫气所害，变得畏惧日光或者失眠，有人甚至会身影消失。而最让银古担心的，是由“蚀日”引发的一种棘手的异常现象……

毛利小五郎和牌友连续12小时痛打麻将车轮战，精神恍惚之下误将沾着葡萄皮的白板当作一饼导致咋和，结果从此痛恨一饼。小五郎的愚蠢举动令柯南、元太、步美等人乐不可支，阿笠博士还专门讲解了麻将牌的由来与念法。此后无论小兰和柯南怎样劝阻，小五郎都一意孤行，执意将一饼打出去。适值此时，七夕将近，牌馆也立起了竹子短签。这个习俗勾起了小兰小学时候的一段回忆，当年小兰在短签上写下“希望妈妈回家”的愿望，结果受到同学大介的欺负与嘲笑。七夕当天，妈妈果然回家，而次日大介也跑来向小兰道歉。原来这一切都是新一这个小绅士暗中努力的结果……

在距离东京南部一千公里的小宅岛上，一家豪华酒店将迎来开业一周年的庆典，届时会场将展出名贵的钻石阿缇密斯之泪。理所当然，这颗钻石吸引了怪盗基德的注意，他再次发出盗窃预告。虽然中森警部作了周密部署，却依然防不胜防，阿缇密斯之泪最终失窃。与此同时，柯南、小兰等人也受铃木园子之邀参加了酒店的周年庆典。中森警部的出现引起柯南警觉，他继而发现基德的计划。
狡猾的基德接连逃脱中森警部和柯南的围阻，不过却在少年侦探三人组元太、步美、光彦的面前大失身手，还暴露了真容，不过却被步美他们认作新一。另一方面，丢失了钻石的酒店方似乎另有企图……

在三年前某个晴朗的假日，还是初中生模样的工藤新一正在公园大秀球技。这时，一个面带忧郁的男子走过来，向他询问3天前是否在公园看到一个男孩。新一摇头否认，男人于是转而询问其他的人。此时新一却发现，就在不远的地方有两个神秘之人密切观察着他们。经进一步了解得知，那个男人名叫秋元宏一，在东京标准局工作，他被警察怀疑杀害了自己的奶奶，而他的供词又漏洞百出，因此秋元才四处寻找能够证明自己不在场的目击证人。
经过新一的启发，秋元记起曾有一白衣女子牵着黑色的狗经过他的身边。以此为契机，新一和秋元开始寻找目击证人……

帝丹高中即将为义演排演舞台剧，一向积极的铃木园子自告奋勇担当主演和编剧的任务。她写了一个杀人事件的剧本，准备把自己塑造成推理超强、魅力十足的女主角。故事讲述专横跋扈的新闻周刊社长大下武男独处一室的时候被人杀害，与他素有过节的职员东田直也、南泽淳平、西岐荣子和北野强成为主要嫌疑人。这本是一出悬疑刺激的推理剧，但是园子却始终不能为剧中关键的线索找到合理解释，创作顿时遭遇瓶颈。她求助小兰和少年侦探团的伙伴们，大家七嘴八舌，怪点子频出，甚至外星人的情节都被引入进来，然而没有一个令人满意。无计可施之际，他们给新一打电话求助。柯南最终能否给出一个合理、完美的解释呢？

由于委托很少，毛利侦探事务所门可罗雀，小兰不得不精打细算，小五郎也整日靠看自己上节目的录像打发时光。某日，小五郎收到一件神秘包裹，却对柯南和小兰隐瞒再三。正在这时，一通神秘电话打入事务所，柯南接听，却发现竟是一通搭错线的恐吓电话。小五郎对此全不上心，而柯南对此念念不忘。对方的声音与服部平次颇为相似，于是他请来服部一同调查。他们按照与事务所相近的电话号码逐一打去，终于发现一个姓岩爪的宝石商人和恐吓电话有关。他们赶到岩爪的公寓，得知警方已经先行到达，不久更知晓怪盗基德似乎也与此案有关。真相究竟如何？