1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。
　　2019年的一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金田的职业高中学生。
　　突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到，将那位矮个男子与铁雄一起收押。
　　铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道，他们的未来，因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化。

看不到一点绿色的荒漠中央，一辆越野车载着数名全副武装的人类疾驰而过。他们来到了那座早已成为废墟的大都市，寻找各种可以回首的有用材料，同时执行这一项极其危险的秘密任务。他们的举动很快就被对手发现，那是一辆战争时期遗留下来的智能战车，它可准确感知对手的存在，并第一时间发动毁灭性的攻击。战士们按照原定计划展开合围，可是根本抵挡不住机器战车的猛烈炮火。
死一般沉寂的都市，人和机器的战争逐渐升级。可叹的是，人类制造出如此精良的武器，却用它来毁灭了文明，毁灭了自己……