上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

亨利（基努·李维斯 Keanu Reeves 饰）是一个没有梦想的男人，浑浑噩噩度日的他完全不明白自己究竟为了什么而活。一次意外让亨利锒铛入狱，在狱中，他结识了名叫马克斯（詹姆斯·凯恩 James Caan 饰）的诈骗犯。马克斯是一个无论身处何地都心怀梦想的男人，他的所作所为点醒了亨利，让亨利产生了寻找自己梦想的想法。
出狱后，亨利总算找到了自己的梦想——抢劫一间银行。为了实现他的梦想，亨利甚至保释了根本就不愿意出狱的马克斯，两个笨贼开始着手实行他们的计划。在此期间，意外结识的女演员朱莉（维拉·法梅加 Vera Farmiga 饰）令亨利坠入了爱河，面对梦想和爱人，亨利不知该如何选择。