赛菲罗斯的事件已经过去2年了，人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍，但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德，却过着与世隔绝的生活。
但是，神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法•洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时，眼前这个人，只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。
以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前，文森特不得不再次挥动双枪，保护大家。而世界的英雄，克劳德，能否再次振作，守护这个世界呢？

　　公元2065年，地球上充满了毁灭和混乱，城市荒芜，人口被大批残杀，整个世界造到外星生命的重创，他们通过独特的方式侵袭地球上的一切生命，少数生存下来的地球人开始反抗这些外星敌人。被毁灭的梦魇时刻缠绕着的天才女科学家罗丝是这场战争中拯救世界的关键人物，但她的计划要冒极大的危险，另一边掌握着高科技军队大权的将军也有一套自己的计划去打击外星敌人，但这个计划同样要对大自然造成更大的伤害，除非罗丝能成功……

西元2133年，世界陷入荒芜与混乱，愚蠢的人类亲手用核武器摧毁了自己赖以居住的场所。硝烟与战火散尽之后，孕育着希望的新城奥林帕斯建立起来，高科技的产物生化人 隆重登场，充当着服务人类的重任，而ESWAT则担负起保卫世界和平的重任。在一次执行任务中，布里艾诺斯（山寺宏一 配音）为保护女友迪娜•纳兹（小林爱 配音）而身受重伤，之后ESWAT高层利用布里艾诺斯的基因制作了生化人特雷斯，并让他和迪娜组成新的搭档。虽然颇有抵触，但在一段时间的相处后，迪娜内心深处悄悄发生着变化。
与此同时，各地接连发生机器人失控危及人类的情况，而他们使用的武器全部指向了重工业最大生产国波塞冬。奥利帕斯高层研究加强对通信卫星的监控，突然之间，ESWAT内部经过改造的半机械人也失去控制。新的危机呈现，迪娜面临重大的抉择……