转眼间已经是1979年，第二代教父麦克·柯里昂（阿尔·帕西诺 饰）到了垂暮之年，为了灵魂的救赎，麦克慢慢结束家族的黑道事业，转投正当生意。麦克的儿子托尼酷爱艺术，无意接手家族事业，迈克尔决定让大哥索尼的私生子，火爆好色的文森（安迪·加西亚 饰）继承家业，当第三代教父。麦克的爱女玛丽（索菲娅·科波拉 饰）和文森相恋，遭到父亲的反对，父女渐渐疏远。为了使家族资产合法化，麦克通过在梵蒂冈教廷的关系网，准备投资“屹立”集团，却遭到敌人的暗中阻挠，教皇的去世也让事情更加扑朔迷离。无奈之下，麦克只能重新选择用暴力解决问题，他的亲人也被卷入了这场血雨腥风。

迈克尔（阿尔·帕西诺 饰）是美利坚黑手党科利昂家族的头目。 迈克尔的父亲维托·安多里尼（罗伯特·德尼罗 饰）出生于意大利科利昂镇。1901年，维托的父亲安东尼奥、兄长保罗、母亲（玛丽亚·卡塔 饰）都死于黑手党西乔家族之手。9岁的维托只得漂洋过海逃亡美利坚谋生。入境时，海关官员（理查德·沃森 饰）将其名姓登记为维托·科利昂。 1958年，迈克尔为儿子安东尼（詹姆斯·古纳瑞斯 饰）举办了初领圣体的聚会，不想当晚便遭遇暗杀。迈克尔侥幸躲过一劫，两名杀手却被人灭口。 维托在异国他乡如何生存？他身负的血海深仇能否得报？想要迈克尔性命的是谁？将杀手灭口的又是谁？