1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

刘建明（刘德华）在陈永仁（梁朝伟）被杀10个月后接受警队内部调查，被架空职权，加上家庭的变故，他的精神状态每况愈下，但他坚信局面很快就会扭转。年轻警司杨锦荣（黎明）在同事看来是怪人一个，他正凭着过人的业绩迈向警队最高层。为了搞清楚杨锦荣的真实身份，刘建明开始对其调查。
刘建明渐渐发现韩琛旧日的生意拍档沈澄（陈道明）与杨锦荣有着千丝万缕的关系，为了置杨锦荣于死地，也为了不让自己的身份曝光，渴望做个好人已久的刘建明开始千辛万苦地找寻一个又一个证据，可是他总在最接近真相时功亏一篑。

金门集团会长、暴力组织在虎派大佬石东出遭遇车祸身亡，该事件在黑白两道引起不小震荡。为了遏制金门集团进一步向合法领域渗透并持续壮大，警方及时提出“新世界计划”，旨在干预金门集团继任大佬的选举。而围绕会长头衔，金门旗下三号人物华侨出身的丁青（黄正民 饰）和四号人物常务理事李仲久（朴圣雄 饰）展开一连串明争暗斗。在危机四伏的当下，警方姜科长（崔岷植 饰）命令卧底十年之久的李子成（李政宰 饰）左右选举结果。子成六年前和丁青结识，并且得到对方的器重和信任。早已厌倦黑道生活的子成无奈受命，却无疑将自己投入了凶险非常的黑色漩涡之中。
充满鲜血与欲望的战场，新世界何日来临？