南方澳是台湾归属日本殖民地时期由日本筹建的渔港，一哲（曾一哲）的阿公作为建设摄影师来到这里后，着迷于它的美丽与宁静，就此扎根，但他的儿子一心要回日本。混黑社会的后者结识一哲母亲后，携带她辛苦积攒的血汗钱回了日本，单留幼儿一哲与阿仁（程毓仁）于她。一哲母亲是原住民，地位原本卑微，因没与一哲父亲完婚，此事发生后她更觉无脸示人，带一哲与阿仁回了故乡兰屿，自此沉浸在悲伤中，后来自杀身亡。不久，一哲与阿仁被黑社会老大带回南方澳，加入黑社会。
一哲的父亲在日本黑社会大哥做得风光，却因躲避与仇家阿顺的恩怨连累一哲与阿仁，后来性情冲动的阿仁惹下祸端，一哲代他入狱三年。出狱刚入家门，一哲便被阿顺找上，忍气处理完毕必须处理的事，他有心与女友阿佩（陈佩君）过风平浪静的日子——阿佩虽不能释怀前男友对她的背叛，却也对一哲处处关心。而有心学傀儡戏的阿仁也计划与跛脚女友小龟（詹正筠）去过相对平稳的生活。但麻烦不请自来：一哲父亲为了利益与阿顺做生意，后者逮住机会狠狠将他及阿仁羞辱，而手下更是误杀了小龟。

客家年轻人小伟（范植伟饰）和小杰（高盟杰饰），一个性情沉静，一个个性冲动，他们在灰暗简陋的大宅里成长。血气方刚的小伟崇拜李小龙，舞动双截棍强健身体。与他感情亲密的姐姐小敏（吴雨致饰），因患上癌症，终日被折磨，与死神搏斗。
小杰是小伟的表弟，因对生活的不满，人有些神经质，沉迷于魔术。两个年轻人似乎随着姐姐的病情，寻不着人生的方向。他们就跟鱼缸里的热带鱼一样，看似自在的游动，却逃不出一层玻璃。一次小杰得到一把枪，他装腔作势地耍弄，却最终闯下大祸。二人被黑帮追杀，狂奔逃命……