白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。
在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。

清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿（李连杰）常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽（元彪）在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨（关之琳）后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。
严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

晚清末年，大清帝国摇摇欲倒。面对外敌来袭，慈禧太后鼓励民间习武抗敌。李鸿章为了逢迎太后，办起“狮王争霸”大赛。消息传出，各大门派纷纷摩拳擦掌，暗中招兵买马。一时，京城门派冲突四起。黄飞鸿（李连杰 饰）上书李鸿章欲取消“狮王争霸”，无奈李鸿章没有理会。无奈之下，黄飞鸿只好亲自参加，阻止各门派的自相残杀。“狮王争霸”开锣当天，校场上尘土飞扬，各门派自造的形象各异、杀伤力极强的“狮子头”粉墨登场。黄飞鸿亲自率领鬼脚七等徒弟也赶到了……

宦官专权的明朝中叶，东厂曹少钦（甄子丹）假造圣旨杀害了忠良杨宇轩，并想斩草除根杀死其后代。侠女邱莫言（林青霞）、江湖义士贺虎等人冒死救出忠良后代后，逃至边关沙漠里的龙门客栈，与杨宇轩部下周淮安（梁家辉）会合。龙门客栈实则黑店，老板娘金镶玉（张曼玉）利用乱世，以美貌和风骚 作诱饵杀人越货聚敛钱财，但她却为英俊潇洒的周淮安动了真心。为了摸清潜藏于龙门客栈中的出关暗道，周淮安将计就计，答应与金镶玉成亲。
洞房花烛夜，楼上的周淮安与金镶玉各怀心事暗中较劲，楼下的邱莫言、贺虎等人也与东厂一众“走狗”展开了明争暗斗，战事一触即发。

满清军队在风火连城（孙红雷饰）的率领下逼近武庄，欲将关内隐藏的反抗力量斩尽杀绝，而武庄更是围剿的重点。武庄表面上住了一批庄稼人，实则是反清组织天地会分舵人马，全庄上下整备应敌，但却力量有限。
危险逼进，路见不平的侠医傅青主（刘家良饰）为了解武庄之危，带了两位武庄青年武元英（杨采妮饰）和韩志邦（陆毅饰）上天山求助。擅于铸剑的世外高人晦明大师住在万里冰封的天山上，他珍藏七把剑中珍品。座下有大弟子楚昭南（甄子丹饰），二弟子杨云聪（黎明饰），三弟子辛龙子（戴立吾饰）以及四弟子穆郎（周群达饰），晦明大师认为武元英和韩志邦也是可塑之材，加上傅青主本人，把毕生修为炼成的七把宝剑分赠七人，是为“七剑下天山”的武林传奇。

令狐冲（李连杰饰）在按计划与日月神教的朋友会面后，将和小师妹岳灵珊（李嘉欣饰）等其他华山派师兄弟赴牛背山归隐退出江湖。路途中意外发现练就“葵花宝典”的东方不败（林青霞饰），但令狐冲不认识东方不败，误将对方当成一位美貌女子。后来几次相遇，还一道饮酒吟诗。
在同任盈盈（关之琳饰）、蓝凤凰（袁洁莹饰）会合后，几个月来江湖不平，大事连连。任我行为东方不败所囚禁，他们商量着夺回日月神教，便乔装进入浪人营打探，救出任我行。
另一边华山派弟子惨遭毒手，黑木崖上，令狐冲和一干人都想着报仇，他惊觉眼前人竟是东方不败……

南宋是一个人妖难分的时期，法海和尚（赵文卓 饰）到处收服妖精，也扰乱了在西湖底修炼的白青二蛇。青（张曼玉 饰）曾获白（王祖贤 饰）相救，二者便以姐妹相称。姐妹俩受惑佯装成人生活在民间，白更嫁于老实书生许仙，青也同时看上了许仙，便常常以媚态勾引许仙，无奈许仙只深爱白一个。白开设了药店，以为可以自此过上安定的生活，可许仙却受不了青的百般挑逗，更发现了青白二蛇的真实身份，可他却不舍得离开家中的天姿国色。法海得知了青白二蛇的下落，更抓走了许仙。原来白为了爱情放弃修成正果，更怀有了身孕。为了救回丈夫，二蛇与法海展开了搏斗……