第 1 季包含《波之国篇》和《中忍考试篇》

《波之国篇》（日语：波の国編）火影忍者动画开篇，在2002年10月3日－2003年4月2日期间播出，改编自原作漫画的第1－44章。主要讲述成为下忍的漩涡鸣人、宇智波佐助和春野樱组成由旗木卡卡西带领的第七班，受令执行他们的首个“C级任务”，保护一名来自波之国造桥师的安全及免受“雾隐鬼人”侵袭。

《中忍考试篇》（日语：中忍試験編）火影忍者第二篇章，在2003年4月2日－2003年10月1日期间播出，改编自原作漫画的第45－89章。主要讲述波之国任务结束不久，木叶村迎来一年两度的“中忍选拔考试”，第七班与其他同期下忍都获得推荐参加，使他们必须想办法应对危机四伏的考试难题、以及来自其他村子的“强敌”。

It's down and dirty time. Splinter is imprisoned. Leo is dying of poison. Don and Usagi are fighting for their lives and the life of the Daimyo against a horde of assassins.

将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！
这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！
神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！