静静的宇宙，一艘名叫“贝蒂”的太空船正在飞向“御夫座”星球。船上躺着数十个被麻醉冻僵了的地球人，他们全然不知即将到来的灾难。原来，丧尽天良的军方和商人将这些人诱拐过来，要送到“御夫座”上孵化异形女皇两百年前生下的蛋。
雷普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver 饰）已成为了异形女皇生下的转世为人的异形人。她的基因里带上了异形的基因，变得特别强壮、忽明忽暗，成了“双面人”。“贝蒂”上有个叫考尔（维诺娜•赖德 Winona Ryder 饰）的年轻女人，正在设法破坏孵化异形蛋计划。当“贝蒂”来到“御夫座”，意想不到的情形发生了！

21世纪末，人类的科技水平已高度发达，克隆人技术和宇宙航行早已实现，不再是梦想。与此同时，许多科学家仍孜孜不倦追索着人类起源的秘密与真相。通过对许多古老文明的考察与对比，科学家伊丽莎白·肖（Noomi Rapace 饰）和查理·赫洛维（Logan Marshall-Green 饰）发现，人类可能是来自一个遥远星系的外星人创造的。在Weyland公司资助下，他们乘坐维克丝（查理兹·塞隆 Charlize Theron 饰）所掌管的宇宙飞船普罗米修斯号前往那颗未知的星球。
经过对当地的考察，地球人的设想成功得到印证。可是他们贸然探查“神的秘密”的行为，也将自己引入万劫不复的深渊……