阿不思·邓布利多教授（裘德·洛 饰）意识到强大的黑巫师盖勒特·格林德沃（麦斯·米科尔森 饰）正试图夺取魔法世界的控制权。邓布利多了解仅凭他一人之力，将无法阻止格林德沃，于是他委托魔法动物学家纽特·斯卡曼德（埃迪·雷德梅恩 饰）带领一支精良的团队——成员包括男巫、女巫及一位勇敢的麻瓜面包师，来共同执行这项危险任务。一路上他们会遇到各式各样的神奇动物，既有老朋友，也有前所未见的神秘生物；同时他们也随时会与格林德沃不断壮大的追随者发生冲突。这次行动的风险是如此之高……邓布利多还能袖手旁观多久？

虽然纽特（埃迪·雷德梅恩 Eddie Redmayne 饰）协助美国魔法部将邪恶的黑巫师格林德沃（约翰尼·德普 Johnny Depp 饰）捉拿归案，但最终格林德沃还是逃脱了禁锢，他来到了法国巴黎，一是为了集结信徒掀起革命，二是为了寻找同样藏匿在这里的克雷登斯（埃兹拉·米勒 Ezra Miller 饰），寄生在克雷登斯身上的默默然是帮助格林德沃实现野心的不可或缺的道具。
格林德沃的潜逃在整个魔法世界里都掀起了轩然大波，一时间草木皆兵。邓布利多（裘德·洛 Jude Law 饰）秘密的找到了纽特，希望他能够前往巴黎，先格林德沃一步找到克雷登斯。和纽特一起踏上巴黎之旅的，是麻鸡雅各布（丹·福格勒 Dan Fogler 饰），他此行的目的，是要找回先前因为吵架而来到巴黎投奔姐姐蒂娜（凯瑟琳·沃特森 Katherine Waterston 饰）的恋人奎妮（艾莉森·苏朵儿 Alison Sudol 饰）。

故事发生在1926年的纽约，彼时，麻鸡们对魔法师的抵制达到了最高峰，由玛丽露所领导的反魔法组织活动频繁。与此同时，街头巷尾之中时时发生的种种灾难意外让魔法世界的存在离暴露仅有一线之隔，整个魔法部陷入了空前紧张的气氛之中。 就在这个节骨眼上，环游世界进行着研究神奇魔法动物之行动的魔法动物学家纽特·斯卡曼德抵达了纽约，他随身携带的魔法手提箱里，装着几十种他一路营救的魔法动物们，而他的一举一动，均处于隶属于魔法部的前傲罗蒂娜的监视之下。一场意外中，麻鸡雅各布误拿了纽特的手提箱，并且放出了藏在箱子里的魔法动物，为此，纽特、蒂娜、雅各布和蒂娜的妹妹奎妮不得不踏上了寻找魔法动物的旅途。