1937年，日军入侵南京，战火中，六朝古都化为废墟，众多中国军民被困城中。一支十数人的国军德械教导队余部在长官李教官（佟大为 饰）指挥下，从日军手中救出了一批教会学校女学生，而李教官等人，至此丧失了出城的机会。幸免于难的书娟（张歆怡 饰）等学生返回文彻斯特教堂，随她们一 起来到的，还有受雇远道至此收敛神父遗体的美国人约翰·米勒（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）。此时的南京城中，逃难的人们蜂拥进安全区和教堂寻找庇护，十四名风尘女子强行进入教堂避难，其中精通英语的玉墨（倪妮 饰）希望借助约翰的身份为一行人提供更多保护。教堂的墙壁，并不能阻挡日军的铁蹄，教堂内的人们，将面临孰生孰死的选择……

1938年初春，我国南方某小城市被日军攻陷，一时间城内子弹呼啸，火光冲天，成千上万的老百姓惨遭日军杀害。由于城里的天主教学主教霍尔登是美国人，日军慑于国际公法暂时还汉对教堂动武。为防不测，霍尔登请国际红十字会克另斯设法将教会唱诗班的中国少女尽快转移出城。这时，三个中国女人跑进教堂避难，当霍尔登正要请她们离开教堂时，日军已包围了教堂，他只能收留和保护她们。没多久，霍尔登叫苦不迭，原来这三名中国女人竟是名妓杨柳风、胡翠华和戏子小彩月。她们玩世不恭，卖弄风骚，眼里根本就没有天主，把教堂的宗教秩序搅得乱七八糟。尴尬万状的霍尔登请求克另斯的随员魏兰孙，将她们和唱诗班少女一起带出教堂。不料，几名中国军队的伤兵躲进教堂避难，霍尔登思考再三，还是收留了他们。突然，日本军官服部率部下强行闯入教堂，杀害了中国伤兵。之后，无耻的服部又找借口要对唱诗班少女施暴，霍尔登断然拒绝服部的要求。此时，霍尔登焦急地等待着克斯和魏兰孙前来营救唱诗班少女，然而他们没有来。紧急关头，杨柳风、胡翠花和小彩月迎着日军的刺刀走过来，这为霍尔登营救唱诗班少女的计划争取了时间。夜晚，霍尔登苦盼的魏兰孙还是没有来教堂，他太失望了。在令人恐怖的刺刀下，三个浓妆艳抹的中国女人被日军押上了汽车。疾驶的汽车上，正当服部得意地欣赏着他的"战利品"时，杨柳风已把手伸进装有炸弹的手袋里，一声巨响，三个苦难的女子以生命抗议入侵者的暴行。教堂内，疲惫不堪的霍尔登默默的祈冲破上帝，上帝没有回答。

小说《金陵十三钗》摹写的是“特殊女人”的言行心态。作品中，她把十三个风尘女子放置于一种特殊的文化和道德的背景之下，进行心灵的剖析和人性的拷问，带给人们的自然是一种剥丝抽茧般的阅读疼痛。
《金陵十三钗》是一篇关于仇恨的小说。小说中的每一个人物似乎都有仇恨的理由和仇恨的指向，这些仇恨像潮湿的因子，慢慢就聚成汹涌的暗流，然后突然翻转，很快就完成了它溃堤的一击。