“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。
在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。
另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。
四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告试验开始的ReinForce II（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。

本片为同人社团舞风所制作的同人动画。
幻想乡，一个于世界之外独立存在的美好国度，在那里，妖怪，人类，神灵，神兽共同生活在同一片天地下，彼此之间关系和睦又友好。在这里，没有悲伤，没有痛苦，没有战争，没有死亡，有的只是整日整日的闲散生活，和充斥在每一寸空气中的快乐。
夏天即将到来，巫女博丽灵梦（中原麻衣 配音）所在的神社即将举行一年一度的夏日祭典，幻想乡的所有居民们都在期待着这一天的到来。就在这个节骨眼上，一连串怪事的发生让幻想乡陷入了危机之中。神社门口的钱柜遭窃，帕秋丽（高桥美佳子 配音）的藏书不知所踪，红魔馆的茶点消失不见，这几起事件的背后，究竟隐藏了怎样的真相？