宇宙中的一场爆炸让地球上的熊类发生了暴走，身强体壮的熊类很快就让人类伤亡惨重，一场旷日持久的人熊之战就此拉开序幕。为了生存，人类建起了高耸的墙壁，将熊隔离在了墙壁之外。然而，他们并不知道的是，在这个世界上，危险的并不仅仅是那些凶猛强壮的野兽们。
岚丘学园学院中，来了两名转校生，她们是百合城银子（荒川美穂 配音）和百合咲露露（生田善子 配音），表面上看来，她们只是柔软可爱的女孩子，然而，两人的真实身份，竟然是可以化身成为人类的熊。外冷内热的椿辉红羽（山根希美 配音）、外柔内刚的泉乃纯花（小仓唯 配音）、善良开朗的百合园蜜子（悠木碧 配音），在百合城银子和百合咲露露的眼中，她们都是散发着香味的猎物。

天上欧蒂娜是一位穿着男生制服的性格少女。年幼时为一位王子所救，由于心怀憧憬而期望自己能成为王子。
入读凤学园之后，欧蒂娜因为特立独行的作风而受到校方责难，但同时也成为了众人目光的焦点。这样的欧蒂娜遇到了被称为“蔷薇的新娘”的柔弱少女姬宫安希，同情安希的遭遇而决定保护她的欧蒂娜，被卷入了学生会争夺“改革世界的力量”的一系列决斗中，向“世界的尽头”发起挑战。

少女革命的原作是以幾原邦彦为首的原创团队ビーパパス（Bepapas），团队成员包括榎户洋司、さいとうちほ(斋藤千穗)、長谷川眞也、小黒祐一郎等人。有些人以为由斋藤千穗执笔的漫画是《少女革命》的原作，这其实是误解，实际上少女漫画家出身的斋藤与幾原就《少女革命》的主题意见相左，这一点在漫画版《少女革命》中亦有所体现。而《少女革命》的TV动画由于其隐晦深刻的内涵和独特的世界观而与EVA、机动战舰并称为OTAKU三大经典。