公元2199年，历经千难万险的宇宙战舰大和号终于凭借次元波动引擎抵达伊斯坎达尔星。几经修整，人类决定启程离开大麦哲伦银河，谁知却在大麦哲伦的外缘遭遇一支神秘机动部队的刁难。对方正是来自白色彗星帝国、以蛮横勇猛著称的战斗民族加特兰蒂斯。该部队的指挥官是帝国远征军大都督，人称“雷鸣”的哥兰·达卡姆。哥兰蛮横无理地要求地球人交出军舰，在遭到拒绝后，他突然祭出最新式的武器——火焰直击炮。千钧一发之际，大和号躲开了火焰直击炮的攻击，却不小心进入了一个灰蒙蒙的神秘空间。军舰仿佛有了自己的意识，自顾自朝着未知的星球行进。为了尽快找到回去的方法，古代进、桐生美影、泽村、新见、相原等五人奉命登陆该星球搜集信息。在那里他们意外发现了本不该存在的军舰以及在七色星团战役中落败的加米拉斯士兵，而对方已困在这里很长的时间。未过多久，加特兰蒂斯的部队尾随而至，哥兰惊讶地发现这正是他们一直苦苦寻求的宝藏之星…… 本片在日本国内89块银幕同时公映，首周初登场排名第一位，观众满意度排名第五位。

围绕“大和”与“缘”的人们的故事，即将迎来新的局面。
到达传说的行星特雷萨特的大和号，等着他们的不只有女神特蕾莎而已。
在古代等人的面前出现的是因缘的对手——曾经的仇敌德斯拉。大和号与集合了卡米拉斯旧体制派的德斯拉舰队交战。
此时，赶往古代等人身边的奇曼采取的惊人行动是——。
另一方面，新的萨贝拉在加特兰蒂斯觉醒，正式的地球侵略作战终于开始。
企图歼灭各种文明、生命的加特兰蒂斯，与以旗舰安德洛墨达为中心的波动炮舰队激烈冲突。
沉睡在巨大白色彗星深处的都市帝国的真正姿态是？以及由佐达提出的新的恶魔的选择……
最后五分钟——伴着眼泪，你将目睹冲击性的结局。

《宇宙战舰大和号2199》的续集第四章《宇宙战舰大和号 爱的战士们 第四章 天命篇》确定将于2018年1月27日上映。