宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史Regild Century(R.C.)，并开始了繁荣与和平的生活。
RC1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯Capital Tower(首都塔)，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的Photon Battery，故被视为是圣地。
其守护组织Capital Guard候补生贝尔利·杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明MS G-SELF的攻击。贝尔利使用维修检查用MS与其交战并成功捕获。
然而贝尔利对G-SELF的驾驶者，名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种感觉。
不满足特定条件便不会启动的G-SELF对贝尔利产生了某种反应。
宇宙海贼和アイーダ的目的、被G-SELF选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相——这一切只不过是Reconguista的开始。

宇宙世纪0087，随着AEUG和提坦斯之间的内战继续，卡缪遇到了一个神秘的女孩叫凤。但他与提坦斯强化人实验体第四号的相遇，让他的内心充满了痛苦。悲痛欲绝的卡缪奋力回到太空，寻找等着他的新型机动战士Z高达。与此同时，来自木星的帕普提马斯·西罗克（PaptimusScirocco）在提坦斯增加了自己的力量。第三个势力终于以轴心的 Zeon 残余的形式行动了...随着增强的画面和GACKT所作主题曲，卡缪和四的悲剧浪漫史在机动战士Z高达三部曲第二部中拉开帷幕。

宇宙世纪0087，夏亚·阿兹纳布尔现在已成为AEUG的领导者。来自木星的西罗克计划控制提坦斯。阿克西斯的领导人哈曼正试图恢复扎比家族的权势。三方势力通过政治和战略争夺地球球体的统治权。战争在太空殖民地格里普斯2号周围以惨烈的结局结束，格里普斯2号已经变成了巨大的激光炮。一切结束的时候卡缪的将有怎样的命运？