《男子高中生的日常》以真田北男校为舞台，围绕着主角忠邦（入野自由 配音），以及他的死党秀则（杉田智和 配音）和吉竹（铃村健一 配音）的日常高中生活而展开。忠邦主要担任吐槽的角色，长相中性的他常常被秀则和吉竹联合欺负。登场人物还有同校学生会的元治、唐泽、副会长和会长等人，这是一群基本上没有女朋友的男校学生，在鲜有女生参与的情况下，展开了插科打诨的日常高中生活。
这是一部搞笑向的作品，内容短小，笑点十足。动画以每集一个小故事的节奏，采用“男子高中生与XX”的标题形式，将男子高中生的爆笑日常故事呈现给观众。
本作根据山内泰延的同名漫画《男子高中生的日常》改编而成。

濑川祐太（羽多野渉 配音）自幼失去父母，由姐姐祐理（大原沙耶香 配音）一手抚养长大，因此，祐太和姐姐有着异常深厚的感情。令祐太没有想到的是，姐姐居然嫁给了一个有着两个女儿的年长男人小鸟游信吾（飞田展男 配音）并且为他生下了第三个女儿。
明知无法一生都和姐姐在一起，但祐太却仍然抑制不住内心的沮丧，虽然逐渐减少了和姐姐的联系，但姐姐的一举一动还是被祐太看在眼里。所以当小鸟游夫妇在飞机上不幸遇难的消息传来后，祐太毫不犹豫的收养了小鸟游家的三个可怜的女孩。个性害羞又很傲娇的小鸟游空（上坂堇 配音）；年龄虽小，但异常成熟懂事的小鸟游美羽（喜多村英梨 配音）；惧怕生人但格外信任祐太的小鸟游雏（五十岚裕美 配音）。大家都是曾经失去了父母的孩子，这四人能否组建一个幸福的家庭呢？

1989年，日本。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。