转眼间已经是1979年，第二代教父麦克·柯里昂（阿尔·帕西诺 饰）到了垂暮之年，为了灵魂的救赎，麦克慢慢结束家族的黑道事业，转投正当生意。麦克的儿子托尼酷爱艺术，无意接手家族事业，迈克尔决定让大哥索尼的私生子，火爆好色的文森（安迪·加西亚 饰）继承家业，当第三代教父。麦克的爱女玛丽（索菲娅·科波拉 饰）和文森相恋，遭到父亲的反对，父女渐渐疏远。为了使家族资产合法化，麦克通过在梵蒂冈教廷的关系网，准备投资“屹立”集团，却遭到敌人的暗中阻挠，教皇的去世也让事情更加扑朔迷离。无奈之下，麦克只能重新选择用暴力解决问题，他的亲人也被卷入了这场血雨腥风。

越战后期，美军上尉威拉德（马丁•辛 Martin Sheen 饰）奉命沿湄公河而上，搜寻脱离美军在柬埔寨建立了自己的王国的科茨（马龙•白兰度 Marlon Brando 饰）上校，将他带回或杀死。科茨上尉曾经是美军在越战中的英雄，战功赫赫。然而，忽然有一天，他失踪了。随 后，情报指出他在柬埔扎建立了自己的王国，自己的军队，专门反对美军。
威拉德与几名士兵一路沿河而上，途中他们目睹了种种暴行、杀戮，目睹了无论美军士兵还是当地人在长期的战争中精神扭曲，做出的种种非正常的行为，威拉德感到了极大的震撼。
威拉德最后在柬埔寨科茨的王国中被当地人捉住，见到了科茨。然而，科茨竟欲求一死，叫威拉德将这里炸为平地……