六十年代，香港警察受贿成风，赌档粉档与中间人、警方组成的利益链大肆吸金，十年内警方受贿数额达当时的百亿港币之巨。
九龙城区便衣火麒麟（黄秋生 饰）为破案不择手段，上峰施压，火麒麟如常去街上拉人顶罪，大学生韩志邦（方力申 饰）遭其陷害毒打，韩母托老警员找到警方与帮会的中间人猪油仔（王晶 饰）出面搭救得脱。人称乐哥的徐乐功（梁家辉 饰）时任华人总探，为人狂妄，出手大方。陈细九（陈奕迅 饰）心地善良尤擅察言观色，深得乐哥赏识，短短五年之内由普通便衣晋升至筲箕湾区探长，但代价之一是家中为掩人耳目收留了各位大哥的九名情妇……
1974年，香港的贪污恶风震动国际，廉政公署成立，长官严国梁（林保怡 饰）聘用大学生韩志邦、失意警员火麒麟等组成第一批廉政专员队伍，严厉打击香港的地下规则。陈细九因贪污案发人财两空之际，却意外的发现了此生真爱……

黑帮老大“校长”想金盆洗手，却被女友小嫂和手下阿一( 吴庆哲 饰)出卖，并遭到追杀。“校长”将自己瑞士银行的密码告诉了孙女小雨，并给了她两张半截的美钞，声称关键时刻寄出，能得到江湖传奇人物神枪手和智多星的保护。 阿一为了获得“校长”的巨款与境外的老大钟胜一（曾志伟 饰）合作，杀死了“校长”，并四处寻找小雨的下落；警方派出了菜鸟警官王小飞（方力申 饰）保护小雨，小雨也寄出了求救信。于是，智多星（黄秋生 饰）和神枪手（吴镇宇 饰） 重出江湖，他们除了要和阿一斗智斗勇之外，还要时时警惕来自身边的危险……