德川幕府倒台，日本进入开明的民主时代。但是明治时期政府、军队及至商贾仍存在腐败贪婪的现象。明治八年爆发血税暴乱，小学教师鹿岛刚（大門正明 饰）携家眷旅行途中遭到暴乱农民的袭击，鹿岛和儿子司郎（内田慎一 饰）惨遭杀害，他的妻子小夜（赤座美代子 饰）则被暴民侵犯。在此之后，小夜瞅准时机杀死一名暴徒，入狱后她与狱警、官员私通，千方百计产下一女，取名雪姬，并将为家族复仇的使命交给女儿。狱友同情小夜的遭遇，想尽办法将雪姬托付给武功高强的僧人大臣道海（西村晃 饰）修行。20年后，背负着莫大仇恨的修罗雪姬（梶芽衣子 饰）携着血雨腥风来至人间……
本片根据小池一夫（漫画脚本）和上村一夫（作画）的漫画原著改编，主题歌后被昆汀·塔伦蒂诺用到《杀死比尔》中。

西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けていたが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。
最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「放射能除去装置・コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救援メッセージと、航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジンが搭載され、目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。
14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて発進する。
ヤマトはガミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。