绿日乐队在春田镇办了环保演唱会，惨遭冷遇，成员落水而亡。为了悼念，教堂举办了弥撒仪式。辛普森一家又迟到了，而且爷爷突然灵魂附体，说出了灾难降临的预言。巴特因为踩着滑板裸奔被罚，得到了邻居弗兰德斯的帮助，情同父子。丽莎遇到了志同道合的爱尔兰男孩柯林，两人暗生情愫。荷马丢弃核废料与垃圾严重污染了水资源。他买回了一头猪，引起了妻子玛姬的不满，小女儿美姬倒是乐得其中。一个长着无数眼睛的怪异生物让大家意识到了问题的严峻性。居民大会上，丽萨提出的环保议案被否决，问题传到了施瓦辛格总统的耳朵里。政府下令将污染严重的春田镇隔离。如梦初醒的村民们这才发现环境的重要，愤怒的人们把矛头指向了污染的始作俑者——辛普森一家……
本片是从1987年开始在美国连播18年的TV动画长寿剧集《辛普森一家》第一次登陆大银幕，在影迷中引起巨大反响。

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……
本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。