在非洲出生的联合国翻译员希尔薇亚，一天无意间听到有人用只有包括希尔薇亚在内的少数人听得懂的非洲土语，讨论一项暗杀阴谋，暗杀对象是即将在联合国大会发表演说的一位非洲国家元首。而希尔薇亚在听到这项惊人秘密之后，很快也成为凶手的追杀对象。密勤局指派托宾·凯勒探员负责席希尔薇亚的安全。但凯勒在调查过程中却发掘出她过去黑暗复杂的一面，他开始怀疑她并没有完全说出实情，对她的不信任感愈来愈强烈。而他在处理这一难题的同时，也必须和这位他负责保护的陌生女子诚实分享他自己的痛苦过去。这场诡谲多变的政治暗杀行动日益逼近，希尔薇亚的人身安全也随时遭到威胁……

高谭市的黑暗势力又开始蠢蠢欲动了，这次是毁了半边脸的“双面人”（汤米•李•琼斯 Tommy Lee Jones 饰）。一次，“双面人”袭击了马戏团，演员迪克（克里斯•奥唐纳 Chris O'Donnell 饰）阻止了“双面人”的阴谋，家人却因此惨遭杀害。
布鲁斯（瓦尔•基尔默 Val Kilmer 饰）收留了迪克，并说服了满腔仇恨的迪克留了下来。因研究计划被拒绝而仇视韦布斯的公司职员爱德华（金•凯瑞 Jim Carrey 饰）成功研究出脑波吸收装置，化身成为“谜语侠”。
“双面人”和“谜语侠”联手破坏高谭市，并通过脑电波吸收装置大量吸收市民的脑电波。蝙蝠侠这次的对手强大得可怕，蝙蝠侠最终能否战胜罪恶？