1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

查理（吴镇宇 饰）是一个假装残疾的骗子，冯仁炳（郑中基 饰）是一个无所事事的村长， 自称恶人的两人对初来村中的美女余真（江疏影 饰）一见倾心。余真因怀孕和前男友反目而出走来到此地，无依无靠之时遂心生妙计，邀查理和阿炳来到家中共度晚餐。酒醉后余真故意让两人误以为与她促成好事导致怀孕，两人上当，难辨谁为亲生父亲，于是共同照顾余真。一日， 两人发现都不是孩子的亲生父亲，于是怒把余真交还给她前男友换取钱财。事成后，二人偶然得知余真前男友想拿孩子做实验，于是查理和阿炳两人念及旧情，决定去营救余真和她即将出世的孩子……