大悟与麗奈的兒子翼在一次飛機測試的途中回到了古代，并被一幫村民救起。企圖支配黑暗的杜古馬、大達拿和我龍操縱怪獸佐蒙多展開襲擊村落的計劃。翼和村民準備對抗怪獸的入侵……
一面倒防守的村民的身邊出現了一位旅途中的勇士馬巴，他手持的青銅製Sparklance令翼覺得很面善，認為這就是令其父親大悟變身成巨人Sparklance，當他拿起這東西集中精神後，竟變身成為超人迪加！但身材不高又沒有能量，所以不能打敗怪獸，而且能量不足很快就變回人。
黑暗魔神杜古呼終於醒來了，與怪獸一起襲擊村落……翼難道不是光之巨人的傳人？那真正的傳人究竟會是誰？光之巨人最終能否復活……

在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。
三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……