地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。
纽约普通警察爱德华兹（威尔·史密斯 饰）因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K（汤姆·李·琼斯 饰）的搭档。
J应对的 第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击；亚基伦人发出最后通牒，如果地球人不能在一个小时之内交出“银河系”，他们就摧毁地球。
为了地球的安全，K和J不得不挺身而出。

失去了心爱的女人，杰森·伯恩（马特·戴蒙 饰）面临更为艰难的日子，他努力回忆，却只能在睡梦中被脑海里一知半解的闪回所惊醒，依然无法记起自己的身份。
但是伯恩注定不是平凡人，不等他冷静下来好好“找回”自己真正的身份，中情局派出的杀手又接踵而至。在接连的几次较量之后，伯恩终于被彻底激怒，决定反戈一击——他主动追击杀手，到过莫斯科、马德里。巴黎，也在伦敦和丹吉尔做过停留。
随着问题一个一个解决，杰森回到了纽约，在那里，他将会找到一切的答案，寻回自己的身份。

经历过腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙 饰）和女朋友玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）隐居在印度偏僻的海边小镇，想忘记以前的生活。一天，神秘组织的杀手来到小镇打破了伯恩二人世界的宁静，女友玛丽也在逃亡途中被杀。
为了查出真相，伯恩重新开始战斗，他发现以前工作的中情局开始重新寻找他，自己被卷入了一场刺杀活动中，被人诬陷破坏了中情局的一次情报交易，杀害特工。伯恩别无选择，他只能找到冒充自己的人，才能洗刷清白，为女友报仇。

约翰（布拉德•皮特 Brad Pitt 饰）和简（安吉丽娜•朱莉 Angelina Jolie 饰）已经结婚了7年多，生活就像淡水般无味。婚姻就像坟墓，让他们过着死水一潭的生活。然而这仅仅是表象。背后他们各有刺激惊险的职业——约翰和简分属两个不同的秘密杀手机构，但彼此却不知道对方的职业身份。直到他们同时接到一个任务，刺杀目标竟是同一人。身份的真相才开始慢慢揭开。
反复的试探和猜测，简终于不小心说穿了自己身份。于是一场同室操戈不可避免的发生了。但是他们也开始意识到，自己只是组织的一个棋子。而眼前的，是共同生活了7年的爱人。

中情局获得情报，得知他们的特工中出了一个叛徒，准备将中情局布置在东欧的特工名单出卖给外国特工组织。在特工头目吉姆（乔恩•沃伊特 Jon Voight 饰）的策划下，伊森（汤姆•克鲁斯 Tom Cruise 饰）所住的一组特工赶往了他们交易的地点。
岂料，当他们按计划赶到 时，却中了埋伏，一组人中除了伊森和吉姆的妻子克莱尔，其他队员都被杀害。这时，伊森的账户无端端多出了12万美金。伊森成了内鬼的最大的嫌疑犯。
无奈之下，伊森只能凭个人之力独闯龙潭虎穴去找出出卖他们的内奸。他和外国间谍组织的接头人麦克斯取得联系后，答应帮麦克斯偷出中情局的间谍名单以交换中情局内鬼的名字。

伊森·亨特（汤姆·克鲁斯饰）和队友们接到了追回三个大杀伤性核武器的任务。眼见任务马上就能完成，但为了挽救其中一位队友卢瑟（文·瑞姆斯饰）的生命，三个核武器被人趁机带走。中情局负责人斯隆女士（安吉拉·贝塞特饰）调来她手下的得意猛将沃克（亨利·卡维尔饰），让他盯着伊森·亨特完成追回核武器的任务。期间，女特工伊尔莎（丽贝卡·弗格森饰）突然出现，伊森·亨特发现，他要面对的并不只是恐怖分子，还有潜藏在政府部门的内鬼。

特工汉纳威（乔什·哈洛威 Josh Holloway 饰）执行任务时遇害，核机密文件被女杀手莫伦（蕾雅·赛杜 Léa Seydoux 饰）截获。为了找回文件，特工班吉（西蒙·佩吉 Simon Pegg 饰）和特工简（宝拉·巴顿 Paula Patton 饰）从俄罗斯监狱救出了伊桑·亨特（汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰）。他们接受的幽灵协议任务便是从克林姆林宫盗取核军事密码。然而，当他们接近目标时，却发现被恐怖分子亨德里克斯（迈克尔·恩奎斯特 Michael Nyqvist 饰）捷足先登，抢走了核军事密码。在爆炸中，亨特受困医院，遭俄特工的追捕，幸好他身手矫捷，才化险为夷。不过，亨特的上司也在混乱中丧生，只剩下其助手布兰德（杰瑞米·雷纳 Jeremy Renner 饰）与亨特死里逃生，加上班吉和简，逼上绝境的四人开始了最后一搏，从迪拜到印度，他们出生入死，与恐怖分子斗智斗勇……

特工布莱恩(利亚姆·尼森 饰)深爱着女儿凯姆(麦琪·格雷斯饰)，却由于工作的原因难以给予她日常的父爱，失望的妻子带着女儿改嫁他人。退休后，见识过太多黑暗势力的布莱恩生怕女儿受到伤害，费尽心力的守护她却也因此带给凯姆种种束缚，引发了父女间的矛盾。
17岁生日后，凯姆执意和朋友前往巴黎旅行，无奈的布莱恩只好答应，不成想灾难正等着年轻的凯姆。在电话里亲耳听到女儿被绑架后，布莱恩强忍内心的痛苦只身踏上了营救女儿的征程，而他只有96个小时。

杰森·伯恩事件引起连锁反应，垫脚石（Treadstone）计划以及CIA用药物控制强化特工的行径通过报纸公之于众，令其幕后人物坐立不安。为了阻止满盘皆输的局面出现，CIA高层决定中止该计划，并将相关特工人员以及科学家从行动中抹杀。在此后的日子里，那些深藏在国家政治最底层、依靠蓝绿药丸执行各种绝密任务的特工相继殒命，而负责染脏双手的执行人——前美国空军上校艾瑞克·贝尔（爱德华·诺顿 饰），正慢慢将屠刀伸向隐藏在位于阿拉斯加崇山峻岭、暴雪深山中的特工艾伦·克劳斯（杰瑞米·雷纳 饰）。
突如其来的炮火袭击令艾伦意识到自己所处的危险境地，在之后的日子里，他不仅要在昔日同伴的追杀中求生，还必须设法找到那曾为他提供源源不断体能和智力的蓝绿药丸……

杰森·伯恩（马特·达蒙 饰）在意大利被人从海上救起，他失去了记忆，除了臀部的瑞士银行帐号之外，他完全没有办法证明自己的身份。
杰森从瑞士银行找到了大量的现金，六本护照，一把枪，同时他发现自己格斗、枪械、和语言等方面的能力，他开始追查自己的身份，并且把陌生女子玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）也卷了进来。两人从瑞士到巴黎，一路上受到神秘杀手组织的追杀，危机重重。
杰森能否化险为夷，找到自己的真实身份？他是否有勇气面对真相？