1937年，在中国南京生活多年的德国商人拉贝（乌尔里奇·图克尔 Ulrich Tukur 饰）与妻子多拉准备回国。他把在西门子中国分部担任的职务交给继承人，然而就在当天的欢送舞会上，日军开始轰炸南京城，到处烧伤抢劫，引起南京暴乱。恐慌的居民四处逃散，拉贝毅然打开公司大门 收留中国员工及其他难民。南京城的外国传教士、医生、商人们商议在南京建立一个“南京国际安全区”来保障无辜百姓的安全，拉贝被推举为主席。本来第二天决定回国的拉贝决定要留下来，去拯救无辜的老百姓。当他目睹日本帝国主义的军队对南京人民施加的惨无人道的暴行时，拉贝更加积极地与同伴们和日军斗智斗勇，试图挽救更多的生命。越来越多的难民涌入安全区，这完全超出了他们的想象。与之同时，日军的暴行更加疯狂，拉贝的人道救助引起他们的不满，安全区多次受到日军的冲击，补给变得越来越艰难。几十万的无辜百姓等待拉贝去拯救，巨大压力下拉贝怎样去完成这人性的使命？

1937年，日军入侵南京，战火中，六朝古都化为废墟，众多中国军民被困城中。一支十数人的国军德械教导队余部在长官李教官（佟大为 饰）指挥下，从日军手中救出了一批教会学校女学生，而李教官等人，至此丧失了出城的机会。幸免于难的书娟（张歆怡 饰）等学生返回文彻斯特教堂，随她们一 起来到的，还有受雇远道至此收敛神父遗体的美国人约翰·米勒（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）。此时的南京城中，逃难的人们蜂拥进安全区和教堂寻找庇护，十四名风尘女子强行进入教堂避难，其中精通英语的玉墨（倪妮 饰）希望借助约翰的身份为一行人提供更多保护。教堂的墙壁，并不能阻挡日军的铁蹄，教堂内的人们，将面临孰生孰死的选择……