古史辨是改變近代中國史學氣候的一個晴天霹靂，值得被深入分析討論。應該聲明的是：由於筆者把古史辦運動當作近代學術思想發展中一個歷史現象來描述，所以，並未能稍稍照顧到上古史研究的專門問題。事實上，收集在《古史辨》七大冊中將近三百五十篇論文對上古史研究是否有建樹？在那些方面值得採信？是古史研究工作者特別感到興趣的。但這個運動何以會爆發？以什麼樣的風貌出現？帶來什麼影響？則是關心近代思想史的人所該處理的，二者固然有交集之處，但卻不可混為一談。在描述歷史現象時，是有必要對「心理事實」 (psychological truth)與「歷史事實」 (historical truth) 加以分殊的。不管合理或不合理的思想都可能在歷史上造成巨大的影響，在行動者自己看來也都可能自認為掌握了最完整的理由，而且也正好符合著某種深刻的社會需求，而又造成了無可抹煞的歷史事實。我們在這個研究中尤其覺察到此點。在本書中筆者還希望注意三個層面的問題：第一個層面是：思想家原來的想法到底是什麼？這些想法與他生活於其間的思想傳統有什麼的關係？第二個層面是：他真正做到了什麼？有時候所思所想與實際做成的結果之間有著相當遙遠的距離。第三個層面是：在歷史發展的過程中，他所做成的產生了什麼影響，這包括後來的人怎樣去理解他的作為。事實上，後來者的理解也常常跟作者的本意相衝突，被影響的人常常反過來影響他的人在某些層面上形成敵對。為了照顧到這三個層面，本書的詳略遂與前人的研究有所不同。

本书探讨了从道光到1930年代约一百年间的思想学术变化中的几个问题，对这一段历史中比较为人所忽略的层面做了一些研究。
全书分成三部分：第一部分 “旧典范的危机”，作者考察了方东树、邵懿辰、汪士铎、太谷学派等各层知识分子的种种变化，以描绘出晚清内部的思潮变动，作者对这一时期的细察说明“从道光以来，中国思想界便进入不安定期，每一种学问都因内外的挑战，而产生了分子结构的变化。它们催化了后来一些范畴性的转变。”以此为张本，作者在第二部分“传统与现代的辩证”深入剖析了中国近代思想中的传统和反传统的复杂关系，在第三部分 “新知识分子与学术社群的建立”中，讨论了后科举时代从“士”到现代“知识分子”的转变，这些知识分子建立新“学术社会”的努力以及这个新“学术社会”的命运……

本书正文共有六部分：第一章，《傅斯年的早年生活》，介绍傅斯年的成长历程，包括在北京大学的学习，及其与新潮社、五四运动的关系，这些为他日后学术思想的发展、人格的形成奠定了基础；第二章，《新历史学派的形成》，介绍傅斯年在伦敦和柏林的学习，实证主义、自然科学、心理分析及比较语言学都对他产生了极大的影响。回国后，傅斯年建立了史语所，集中了一批中国学术的精英，如陈寅恪、赵元任、李济等，展开学术研究工作，史语所成为傅斯年们的舞台？？；第三章，《走向中国文明多元起源论：对中国古代史的研究》，作者向人们展示了上个世纪史学家们对中国古代文明起源的探讨，傅斯年打破了中国古代历史研究的单一体系，形成新的多元文明起源论，代表著作是《夷夏东西说》（1935年），并重新描绘出古代历史的画卷。王先生检讨了傅斯年的理论的价值、影响及值得商榷之处；第四章，《反内省的道德哲学》，作者结合了当时的时代思潮，精辟地分析了知识分子群体的矛盾心态，指出傅斯年在反对传统的道德内省哲学时与清代考据派学者在精神上一脉相承，另一方面，他又以西方思想、方法为参照系和武器，对中国的内省的道德传统进行驳斥。傅斯年集中地对“性”、“命”、“令”、“心”这几个关键概念作了详细的辨证，写成《性命古训辨证》（1940年）；第五章《五四精神的重负》，在这一章中，作者认为中日战争爆发后民族主义兴起、专制政治下民主与独裁辩论的高涨、以及本位文化的鼓吹，都使五四的个人主义、反传统、倡导纯学术等成为一种负担，并阐述这种转变的错综复杂的社会、历史背景以及傅及其同时代人所受的影响；第六章，《中央集权的统治与一个五四青年的晚年》，傅斯年曾将蒋介石看作最有能力的中国领导人，但是蒋介石的独裁使他感到失望、不满，因此他对蒋的态度是复杂的。作者指出傅斯年晚年积极参与政治活动，已经渐渐缓解了传统价值与现代价值之间的张力。此外，另有《引言：傅斯年与1895年后的知识思潮》、《结语：一个五四青年的失败》。书前附有傅斯年年表，书后附有两篇短文，一篇是傅斯年讽刺顾颉刚推翻中国古代史真实性的方法论的小说片段，另一篇是傅与当时的国民党参谋长陈布雷关于蒋介石的为人的谈话——这两篇短文再次为书的标题作下注释：历史与政治同傅斯年的一生化不开的干戈。

《近代中国的史家与史学》文章所涵盖的范围大概是晚清最后十年到1930年代左右，前后将近三十年的时间，偏重的是“变”的部分，而尚未来得及仔细分析在新史学甚嚣尘上之时，旧史本身的风貌。

《權力的毛細管作用：清代的思想、學術與心態》收錄中央研究院院士王汎森研究清代學術、思想、心態方面的12篇專文和一篇附錄。本書標題「權力的毛細管作用」，說明了清代社會中政治、道德等權力無遠弗屆的影響。
「權力的毛細管作用」觀念來自傅柯（Michel Foucault, 1926-1984）。傅柯對權力的了解很有創見，他不像過去的人只注意權力在大的、公開的場面的展示，同時也注意到權力在微小的、隱密的、日常生活空間中的作用。從《權力的毛細管作用：清代的思想、學術與心態》一書中可以看到「政治」、「道德」、「權力」等各種力量，就像水分子的毛細管作用一般，滲入日常生活中每一個可能的角落，並發揮意想不到的影響。
思想史」與「生活史」的聯繫也是《權力的毛細管作用：清代的思想、學術與心態》一書的主軸之一，譬如〈明末清初的人譜與省過會〉、〈日譜與明末清初思想家〉這兩篇專文，就是以「人譜」、「省過會」等修身冊籍及團體為例，展示道德意識呈現的方式與轉化，以及道德理想如何影響日常生活的實踐。