王薄（刘德华 饰）和王丽（刘若英 饰）本是一对最佳贼拍档，但因怀了王薄的孩子，王丽决定收手赎罪，两人产生分歧。在火车站遇到刚刚从城市里挣了一笔钱准备回老家用它盖房子娶媳妇的农村娃子傻根（王宝强 饰）后，王丽被他的单纯打动，决定暗中保护不使他的辛苦钱失窃，王薄却寻思找合适机会下手，但 最终因为“夫妻情深”归入了王丽的阵营。 不料傻根的钱早被以黎叔（葛优 饰）为头目的另一著名扒窃团伙盯上，于是一系列围绕傻根书包里的钞票、在王薄、王丽和黎叔团伙之间展开的强强斗争上演。

抗日战争初期，武汉军政界世家刘家二公子刘天伟（刘德华 饰）在空军部门任飞行少尉。在一次执行任务时他碰上了火力猛劲的日军，虽然成功逃脱但是受伤不轻，迫降在一个小山村中，被村姑小禾（吴倩莲 饰）救回。在小禾悉心照料下天伟日渐康复，两人相爱了，但是遭到了村长的反对。天伟决定带小禾一起离开村庄，可是小禾却没能赶上飞机。在回基地途中又再次遇到了敌机，两架飞机被日军击落，同僚们觉得天伟连累了大家，但是家人却给他举行了盛大的欢迎仪式，这让天伟非常难受。此时国民政府决定前往重庆，为保护大部队空军将执行一次死亡任务，即轰炸日军基地。天伟决定不顾家人反对参加，大队长（方中信 饰）先是反对后在天伟坚持下被感动，同僚之间误解化除。此时小禾也来到了武汉找到了天伟，并且表示无论如何也会等天伟回来。行动开始后，小禾和伟母一起在基地等待天伟，却只等来天伟殉国的消息，小禾不顾阻挠坚持清理机场等待奇迹，所有人都被感动了，最后天伟真的奇迹般的飞回了基地。

刘建明（刘德华）在陈永仁（梁朝伟）被杀10个月后接受警队内部调查，被架空职权，加上家庭的变故，他的精神状态每况愈下，但他坚信局面很快就会扭转。年轻警司杨锦荣（黎明）在同事看来是怪人一个，他正凭着过人的业绩迈向警队最高层。为了搞清楚杨锦荣的真实身份，刘建明开始对其调查。
刘建明渐渐发现韩琛旧日的生意拍档沈澄（陈道明）与杨锦荣有着千丝万缕的关系，为了置杨锦荣于死地，也为了不让自己的身份曝光，渴望做个好人已久的刘建明开始千辛万苦地找寻一个又一个证据，可是他总在最接近真相时功亏一篑。

1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。
重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。