雪平（筱原涼子）的女兒所住的醫院被恐怖組織所佔據！！SAT隊也不向頑強的恐怖組織所屈服。他們的要求「警察廳不正當挪用機密費的活動經費80億日元要在2小時以內準備好！」而最大的人質是來院的警察廳長官。而不正當挪用活動經費的存在的警察和恐怖組織的領導人．後藤（椎名桔平）展開一場細膩的智慧型犯罪的攻防。探聽恐怖組織的真正目的公安部．齊木（江口洋介）。雪平打算挽救出因被事件捲進的孩子。把生命押注在這個最後的戰鬥要開始了．．．

从安藤一之(瑛太)的死这个冲击性事件的9个月后。
在某高级旅馆的房间里发现了一个老人的尸体。
桌子上面有遗书，一般认为从状况证据上来看是没有事件性。在搜查一课召开围绕在这个自杀事件的搜查会议。
以安藤为主谋所牵涉一连串的事件的人，留下在搜查一课的雪平夏见(筱原凉子)、被更迭的山路哲夫(寺岛进)晋升了的管理官小久保佑二(阿部サダヲ)、安本正广(志贺广太郎)、验尸官三上熏(加藤雅也)等4名。
一般认为昨夜的自杀事件是没有事件性的，不过自杀的是原警察乾部，这个月之后已经有4个原警察乾部因事故和自杀死亡，搜查一课也开始怀疑有他杀的可能性。可是，在这个会议里没有看到雪平的身影。
雪平在场末的酒馆里醉倒。警视厅公安部的搜查进到那里。把一边喊着自己的身分一边反抗的雪平给拘提了。
逐渐从酒醉里清醒的雪平，把脸颊对着拘留所冷清的地板陷入沉思。她想起9个月前的那天……

跳跃大搜查线的SP
2003年10月30日。東京都台東区のあるアパートで事件が発生する。子供を人質に立てこもる男。動機は不明。駆けつけた警察の中には、交渉課準備室の真下正義（ユースケ?サンタマリア）の姿もある。部下の倉橋（ムロツヨシ）とともに、犯人と電話でコンタクトを取ろうと試みる真下。がしかし、犯人は電話に出ようとしない…それどころか電話のプラグが引き抜かれ、回線不通になってしまった。焦った真下が拡声器を取り出し、スイッチを入れようともたついているところに後方からやってきた男、木島丈一郎（寺島進）。
「何をタラタラやってんだ、バカヤロウ！」と、真下を一喝するや否や、さっさと部下に指示を出し、アパートのベランダから現場に突入。「犯人確保だ、バカヤロウ！」と階下の真下に叫ぶ木島が目にしたのは、マスコミに囲まれ、ちやほやされながらインタビューを受けている真下の姿だった…。
人質となっていた子供、吉村遼（篠田拓馬）。無事に解放されたものの、遼の父親は、明日まで北海道に出張中。離婚して家を出たという母親は、迎えに来る意思がないという。とそこに、警視庁捜査一課の刑事たちが連れ立って現れ、稲垣管理官（段田安則）の指示により、遼を台東署まで連れて行くという。納得できないと反論する木島を尻目に、刑事たちが無理やり連れ去ろうとすると、突然、遼がパニックを起こして暴れ始めた。すがるように木島を見つめる遼の視線に何かを感じ取った木島は、刑事らのふとした隙を突いて、遼とともにその場を逃げ出し…
解決したかに思われた事件の裏に、果たしてどんな事実が隠されているのか？　遼を連れて、身内である警察から逃げ続けるハメになってしまった木島の先に待ち受ける運命とは！？

东京地下铁发生了警视厅史上最恶劣的大规模犯罪事件。东京地铁最新型的车辆E4-600被不知道是谁的犯人劫持了！并非是持枪抢劫，而是E4-600不受总台控制，而被黑客控制了。E4-600在东京地下铁随意行驶，正常的公共交通瞬间陷入恐慌！警视厅紧急对策会议召开，捜査一课的室井慎次（柳叶敏郎饰）作为管理官，召集真下正义（中山裕介饰）的科技办案课室展开行动。而此时犯人打来电话，不仅指名点姓要与真下正义警官斗智，还声称拥有大量炸弹，准备在东京爆破这些炸弹。真下正义要靠自己的谈判专家能力与犯人死斗，还要赶上与恋人柏木雪乃（水野美纪饰）的约会。他能赢得正义，与心上人的爱吗？
《跳跃的大搜查线》系列电视剧再推外传电影，外传电影第1部，讲述真下正义的故事。