受过特警训练的警察陈家驹（成龙）为人正直办案拼命，时常将女友（张曼玉）忽略。某次围剿行动中陈家驹拘捕了大毒枭朱滔，但因证人（朱滔的秘书）莎莲娜（林青霞）的突然失踪，未能将其绳之于法，陈家驹因此受降职处分。事后含恨在心的朱滔为了报复陈家驹，设计将其诱至囚禁莎莲娜的别墅，并派手下杀死一名警察嫁祸其身，令陈家驹在警方的通辑令下只能四处流亡。
而侥幸逃脱的莎莲娜明白到朱滔为人不择手段的本质，为求自保，冒险潜入朱滔办公室偷得证据，却被其手下追杀至商场，陈家驹及时赶到，与朱滔手下展开激战。

令狐冲（李连杰饰）在按计划与日月神教的朋友会面后，将和小师妹岳灵珊（李嘉欣饰）等其他华山派师兄弟赴牛背山归隐退出江湖。路途中意外发现练就“葵花宝典”的东方不败（林青霞饰），但令狐冲不认识东方不败，误将对方当成一位美貌女子。后来几次相遇，还一道饮酒吟诗。
在同任盈盈（关之琳饰）、蓝凤凰（袁洁莹饰）会合后，几个月来江湖不平，大事连连。任我行为东方不败所囚禁，他们商量着夺回日月神教，便乔装进入浪人营打探，救出任我行。
另一边华山派弟子惨遭毒手，黑木崖上，令狐冲和一干人都想着报仇，他惊觉眼前人竟是东方不败……

黄雪梅（林青霞 饰）的父母因保护“天魔琴”为六大门派追杀致死，小弟黄麟也失踪。她抱琴跳崖，重伤未死，并练得绝世之功“天龙八音”后出山报仇。她设计让欲夺“天魔琴”的武林人士自相残杀。在与飞虎镖局吕腾空义子吕麟（元彪 饰）交手中，雪梅发现他就是自己失踪的弟弟……

天山派李秋水（林青霞 饰）爱上掌门师兄逍遥子，却不知逍遥子所爱的其实是李秋水的孪生妹妹李沧海（林青霞 饰）。而天山童姥巫行云（巩俐 饰）对李沧海亦有超越性别之爱。逍遥子被同门叛徒丁春秋（徐少强 饰）下毒中伤，被迫归隐到飘渺峰，设下“玲珑棋局”等来本性善良、佛性极深的有缘人虚竹 （林文龙 饰），将百年功力悉数相传，以期代他清理门户。 为夺少林宝物，丁春秋率阿紫（张敏 饰）、诱动连手的李秋水等人欲血洗少林，得到了逍遥子毕生功力的虚竹在巫行云的帮助下临危受命，与丁春秋展开了回合大战。

水师提督顾长风（于荣光饰）奉朝廷之命带领西班牙舰队探访黑木崖，过程中西班牙领队欲打开东方不败的棺木与视东方不败为偶像的顾长风发生争执。正在此时黑木崖上忽然现身一怪人（刘洵饰），可以以掌接西班牙火枪子弹。顾长风被怪人所救，却身受内伤，坚信其便是东方不败，坚持要一见其真面目 ，虽死无憾。怪人一偿所愿，让其看自己的庐山真面目，正是当年风采依旧的东方不败（林青霞饰）。顾长风告诉东方不败江湖上有很多人正在冒充他的名号为非作歹，东方不败于是决定留其性命，让他看着自己重出江湖。与此同时，东方不败旧时爱妾雪千寻（王祖贤饰）正率领着一群苗人打着东方不败的旗号与日本倭寇就海域问题谈判，雪千寻痴心不改，重组神教只是为了等待爱人归来......