2013年，都市NO.6。这里是一个没有犯罪，没有疾病，没有战争，没有所谓痛苦和怨恨的理想国度。一直这么认为的12岁天才少年紫苑（梶裕贵 配音）和母亲住在NO.6的高级住宅区，在一个暴风雨的夜晚邂逅了颠覆他世界观的人——伤痕累累，有戾气的少年老鼠（细谷佳正 配音）。对老鼠感到好奇和好感的紫苑不但没有感到害怕还救了老鼠，结果被认为窝藏嫌疑犯，被剥夺了所有特权，继而沦为了公园管理员。
经历了这场变故的紫苑对所生存的理想世界产生了怀疑，城市里也频繁发生恐怖的死人事件。而这些事件和NO.6有着千丝万缕的联系，愈发困惑的紫苑不知自己已处在生死边缘，在关键时刻，被四年不见的老鼠所救，来到了NO.6外圈的贫民区。在这里，紫苑逐渐认识到了NO.6的真相，而危险远没有离开他们……

随着“地狱之门”的出现，美丽的星空被掩盖，取而代之的是用来监视“契约者”行动的虚假星空。“契约者”是接触了“地狱之门”里的物质后，获得超能力的人。作为被选中的人群，他们冷酷、无情，让人充满畏惧与疑惑。各种神秘组织为了自身利益，利用契约者的超能力展开混战。
本来不是契约者的黑，为了妹妹白，不得不违背自己的意志加入战斗，并与契约者琥珀相爱。可是他渐渐发现琥珀背叛了组织，也背叛了自己；在神秘事件后妹妹也失去踪迹。愤怒的黑终于成为真正的契约者，被人称为黑色死神，被诅咒的契约者。
在执行组织任务中黑再次遇到琥珀，而琥珀的言行愈加充满神秘，似乎背叛之下有着许多难言之隐。为了找到妹妹，黑追踪着琥珀，渐渐的看到混战背后更大的秘密。黑能否找到妹妹呢？他该为自己和契约者的命运做出怎样的抉择？

死神武器职业专门学校，简称“死武专”。其学生分为“工匠”与“武器”。
据称，收集99个鬼神的灵魂与1个魔女的灵魂，“武器”就会进化成最强的死神武器“DEATH SCYTHE”
以最强的“工匠”为目标的镰刀“工匠”玛嘉与其“武器”SOUL二人，开始了艰辛的试炼。有同样目标的还有暗器“工匠”BLACK STAR与“武器”务椿，和死神之子——死神•德•基德与他的武器双枪姐妹。
三组少男少女成长的故事，伴随着的是“死武专”的危机四伏。神秘的魔女美杜莎心怀鬼胎；死神大人不离开“死武专”寸步，似乎也是为了隐藏天大的秘密。