上一部中，熊猫阿宝（杰克·布莱克 Jack Black 配音）功成名就，成为名震四方的神龙大侠。平日里他随同师傅（达斯汀·霍夫曼 Dustin Hoffman 配音）以及盖世五侠：悍娇虎 （安吉丽娜·朱莉 Angelina Jolie 配音）、猴王（成龙 Jackie Chan 配音）、快螳螂（塞斯·罗根 Seth Rogen 配音）、俏小龙（刘玉玲 Lucy Liu 配音）、灵鹤（大卫·克罗斯 David Cross 配音）在和平谷修炼，生活悠哉游哉。这一日，一伙恶徒闯入山谷抢夺金属材料，在与他们交手中阿宝意外产生幻觉，由此对自己的身世感到疑惑。
另一方面，恶徒的魁首白孔雀沈王爷（加里·奥德曼 Gary Oldman 配音）正图谋闯入王宫，称霸全中国。新的正邪大战拉开序幕，阿宝他们面临前所未有的挑战……

法老发现自己的王国内希伯来人日益增多，开始感到不安，对希伯来人总是无端猜疑，于是命令所有的希伯来人都去当奴隶，并吩咐讲所有希伯来人生的男孩扔到河里。这天，一个希伯来妇女生了一个漂亮的男孩，为了自己的孩子能够幸免于难，她将他放到一个草箱中放进了尼罗河。
皇后在河边捡到了这个漂亮的男孩，将他带回宫殿抚养，取名摩西。摩西和王子兰姆蒂斯一起长大，两人成了最好的朋友。摩西十分反对法老对希伯来人的暴政，一次他为了阻止一名埃及人残害希伯来人而将失手将他打死。为了逃避法老的惩罚，摩西逃到了米甸地。不久法老去世，兰姆蒂斯成了新法老。摩西原本以为兰姆蒂斯会一改以往法老对希伯来人的暴政，没想到兰姆蒂斯反而变本加厉。在神的指示下，摩西知道了自己的身世，于是他决定要带领希伯来人走出困境。

怪物王子和恐龙公主的故事在继续。
史莱克原以为可以和费奥娜在沼泽地过上自由散漫的生活，谁知道费奥娜的父亲，变成青蛙的“遥远王国”国王病重，史莱克和费奥娜不得不放弃自由，继承王国。
对史莱克而言，“祸不单行”：费奥娜怀孕了，显然他没有做好当爸爸的准备。因为不想继承王国，也因为即将出生的小怪物，史莱克带着话痨驴子和穿靴子的猫，一同去找菲奥娜的远方堂弟亚蒂，在他们的软磨硬泡之下，懒散的亚蒂终于答应接过王位这个烫手山芋，四人开始了热闹非凡的回国之旅。
与此同时，在国内陪伴父母的费奥娜公主也遇上了不小的麻烦，大反派“魅力王子”纠结了一帮海盗卷土重来，阴谋篡位，费奥娜组织了一支妇女自救队，童话中的公主、母后们悉数上场，展开了搞笑连连的正义之战，及时赶王国的史莱克一行四人，也参加到了队伍中，“另类”大决战的序幕也就此拉开。

延续了第一部的风格，继续对经典童话进行善意的颠覆。
史莱克和费奥娜公主度完浪漫的蜜月后，回到沼泽地。受费奥娜的父母哈沃尔德国王和莉莲王后的邀请，怪物夫妻带着他们的驴子，浩浩荡荡赶往“遥远国”。
国王和皇后见到分别多日的女儿和乘龙快婿，惊喜变成惊吓，灾难似乎也从此开始。
公主从前的仙女教母，很早前就曾叫自己的儿子“魅力王子”去城堡里屠龙救美，可惜让史莱克抢先了一步，她找到了童话中鼎鼎大名的怪物杀手穿靴子的猫，准备抢回自己心目中的媳妇。

在大洋深处的南礁，以大白鲨里诺（罗伯特•德•尼罗 Robert De Niro 饰）为首的鲨鱼黑帮横行霸道，不可一世，其他鱼类对他们又恨又怕，时刻希望有人（鱼？）出来主持公道，消灭这群恶棍。里诺虽然邪恶，不过却格外疼爱他的儿子弗兰奇（Michael Imperioli 配音）和兰尼（杰克•布莱克 Jack Black 配音）。与凶暴的父亲和哥哥不同，兰尼心地善良，平易近鱼，甚至还是个素食主义者。
吊儿郎当的清洗店小职员奥斯卡（威尔•史密斯 Will Smith 饰）欠下老板钱财，债台高筑。被五花大绑的他遭到弗兰奇的追杀，而弗兰奇却被突然出现的铁锚砸死。喜好吹牛的奥斯卡因此宣称弗兰奇死于他之手，他还间接和兰尼成为朋友。然而，这却引起鲨鱼黑帮的愤怒……

史莱克生活在平凡的世界中——他本身是一个其貌不扬的怪物，绿色的身体，古怪的脾气，不爱干净的懒散生活。这天他家里来了几个不速之客，他们告诉史莱克，自己来自一个残暴国王统治下的王国，现在已经无家可归了。而且，那个残暴的国王还掠夺了一个美丽非凡的公主，打算强占为妻。
史莱克虽说丑陋，却心内善良。在领主的威逼下，无奈下他只能前去搭救公主，同时心想一睹公主芳容。路上，他遇到了一个话痨骡子，骡子知道了史莱克的事迹，决定忠心耿耿为之效劳。
前路有喷火恶龙等着和他们搏斗呢，他们能不能闯过难关，上演完美的英雄救美童话？