故事始于一段浪漫的恋情，两名主人公来自截然不同的世界，一个是曾经纵情声色犬马而今独自一人渴望真爱的Danny（本·卫肖 Ben Whishaw 饰），一个是神秘寡言英国军情六处总部的间谍Alex（爱德华·霍尔克罗夫特 Edward Holcroft 饰）。即使出身和性格迥然不同，二人度过了最美好的一段时光。
然而浪漫的恋爱故事并未向顺利的方向进行，不久后Alex神秘失踪，Danny开始一步步追查，一个个神秘线索把他引向一个让他窒息的可怕事实。他发现自己已经卷入了一个纷繁复杂又危机重重的间谍世界。他能否凭一己之力，与这个强大的对手斗争到底，找出真相？

在神秘的秘鲁，生活着一种十分稀有的果酱熊，他们拥有非常高的智商和语言能力。当年果酱熊夫妇帕斯图佐和露西曾与来自伦敦的探险家结下深厚的友谊，并且学到了压制果酱的技巧。时至今日，一场灾难摧毁了果酱熊安宁快乐的生活，露西阿姨将淘气的侄子送上开往伦敦的邮轮，嘱咐他在那个友好的国度展开新的生活。万里漂泊而来的小熊懵懵懂懂来到帕丁顿火车站，可是当代人的冷漠却让他倍感失落。幸运的是小熊遇到了布朗一家，并且得到了一个好听的名字——帕丁顿（本·卫肖 Ben Whishaw 配音）。善良的女主人玛丽（莎莉·霍金斯 Sally Hawkins 饰）殷切要帮助帕丁顿找到可以栖身的地方，而男主人亨利（休·博内威利 Hugh Bonneville 饰）则时刻想把这个突如其来的麻烦赶走。
在此过程中，搞怪不断的帕丁顿和布朗一家关系逐渐融洽，而自然历史博物馆的标本师米莉森特（妮可·基德曼 Nicole Kidman 饰）则怀着邪恶的目的悄然向帕丁顿接近……