从未来回到九十年代的机器人T-800，他的任务是保护长大后会成为领袖的小帅哥约翰·康纳和他的母亲莎拉。而比他先进的T-1000也不露声色地追杀过来，两位正邪机器人为相同的目标展开一场生死搏斗。这次，机器人主脑者派出最先进的T-1000型终结者，回到约翰·康纳的童年时期，预备杀死约翰，使未来人类世界群龙无首。约翰·康纳得知消息，立即派另一名终结者乘坐时光倒流机，赶回现代，保卫童年时期的自己。在现代，约翰与养父母同住。生母莎拉因言行怪异，且攻击造成机器人猖厥的电脑公司，因而被当成精神病患，住进病院。T-1000型杀害了约翰的养父母，然后变成养父母外形欲诱杀约翰，幸好终结者赶到，救出约翰。T-1000的另一个目标是莎拉，不料亦遭到终结者和约翰的破坏。莎拉和约翰决意消灭制造机器主宰者和T-1000型的塞柏电脑公司，一阵恶斗后，电脑公司被炸成一片火海。然而，T-1000型仍穷追不舍，将莎拉等人逼入钢铁厂，并将终结者打成重伤。

美国核潜艇蒙坦娜号在深海追踪一个不明物体的时候不幸失踪，高压潜水钻台深海之心号工头巴德（艾德·哈里斯 Ed Harris 饰）接到命令负责配合科菲上尉（迈克尔·比恩 Michael Biehn 饰）前去营救。令人意想不想不到的是一同前往的还有跟巴德一直在闹别扭的妻子—— 石油公司工程师琳西（玛丽·伊丽莎白·马斯特兰托尼奥 Mary Elizabeth Mastrantonio）。三人为主的救援队潜到潜艇失踪的海底深渊边缘，却发现潜艇上无人幸存，令人恐慌的是深渊里还存在着一种未知的怪物。经过一系列的危机之后，科菲上尉不听劝阻认定这是苏联的阴谋，决定把从潜艇上拆下来的核弹发射给不明的敌人，于是巴德和琳西联手开始了殊死搏斗。千钧一发之际巴德不顾危险救下了琳西，并且潜下深渊去拆掉核弹头上的引信，完成任务之后巴德的氧气已经消耗殆尽，而就在此刻深海的怪物再次出现。