没有人能够想到，曾经强极一时的帕尔斯王国，竟然也有濒临崩溃的一天。蛮族鲁西达尼亚的骚扰让王国中战事不断，与此同时，万骑长出人意料的背叛让帕尔斯王国的军队在亚特罗帕提尼会战中遭遇惨败溃不成军。
亚尔斯兰（小林裕介 配音）是帕尔斯王国的王子，即使个性软弱，善良细腻，但他终究还是要背负起复国的责任。在孔武有力忠贞不二的达龙（细谷佳正 配音）的保护下，亚尔斯兰免于了被俘虏的命运，两人决定前往巴休尔山，寻找在那里隐居的智者那尔撒斯（浪川大辅 配音），那尔撒斯和亚尔斯兰的父亲曾经有过一段并不愉快的过去，如今，面对哀求的亚尔斯兰，他是否会不计前嫌，伸出援手？

炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美 配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵 配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻求更多的炼金术知识，成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。

位于北海道的大虾夷农业高等学校（通称：虾夷农高）是一所寄宿制农业高中，学生多是以从事农业作为目标的农家子弟。新学年伊始，虾夷农高迎来了一位与众不同的学生——八轩勇吾（木村良平 配音），他从城市来到乡下，通过正常的入学考试考入农高，现就读于乳畜系一年级。他身边的同学都有着继承家业、成为兽医之类的理想，他却找不到明确的人生目标，这让他感到焦躁不安。本以为自己成绩优异，可以在考试中拔得头筹，他却发现农高的课程与普通的升学高中大大不同。此外，农高的社团均是体育系，在御影秋（三宅麻理惠 配音）的鼓励下，文弱的八轩选择了马术部。
在这所拥有全日本高校最大占地面积、被壮丽的自然风光和乡村风情环抱的虾夷农高里，八轩的青春生活开始了！
本动画改编自荒川弘的同名人气漫画。